生物爪哇包导入错误

Question

我已经下载了biojava jar文件并保存在我的类路径中。我正在尝试从以下位置进行测试的示例：http://www.biojava.org/wiki/BioJava:CookBook:Core:FastaReadWrite

但是，它给了我错误：

error: package org.biojava3.core.sequence does not exist   
import org.biojava3.core.sequence.ProteinSequence;

我在站点中显示的示例文件有 24 个错误。我将 jar 文件保存在类路径中。那为什么这给了我错误呢？我错过了任何步骤吗？

Answer 1

请检查您的类路径设置和 biojava 版本。

我从网页上取了一个例子，并结合了biojava的3.0.7版本。这是我所做的

• 下载生物爪哇.jar

  wget http://biojava.org/download/maven/org/biojava/biojava3-core/3.0.7/biojava3-core-3.0.7.jar 
  

• 创建一个 Java 文件FastaOpen.java其中包含从您的链接中获取的代码

• 编译

  javac -cp .:biojava3-core-3.0.7.jar FastaOpen.java
  

• 执行

  java -cp .:biojava3-core-3.0.7.jar FastaOpen
  Exception in thread "main" java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException: 0
  at FastaOpen.main(FastaOpen.java:20)
  

例外是可以的，因为我没有指定文件名。所以，对我来说，这个例子是有效的。如果我在编译时没有指定类路径，我会收到与您相同的错误，例如：

FastaOpen.java:5: error: package org.biojava3.core.sequence does not exist
import org.biojava3.core.sequence.ProteinSequence;

上面的描述适用于 Linux。在MS Windows上，您应该尝试类似于以下命令（在Powershell中发出）的操作。

• 汇编

  PS > & 'C:Program FilesJavajdk1.7.0_45binjavac.exe' -cp "C:UsersstefanDownloadsbiojava3-core-3.0.7.jar" .FastaOpen.java
  

• 执行

  PS > & 'C:Program FilesJavajdk1.7.0_45binjava.exe' -cp "C:UsersstefanDownloadsbiojava3-core-3.0.7.jar;C:UsersstefanDownloads" FastaOpen
  

  （两个文件，java 源代码/类和 jar 都驻留在 Downloads 目录中。