我想使用Chimera可视化的PDB的蛋白质结构数据来做两件事。我很乐意学习合适的工具和方法。
・将蛋白质表面存在的氨基酸信息映射到序列
・找出表面暴露氨基酸的电荷，并根据其值对氨基酸分子进行颜色分级
第二个特别看起来可以用Chimera的"；库仑表面着色"；。但我不确定在颜色下面输入什么样的值，以及如何找到它，这是添加渐变所必需的。
抱歉我英语不好。。。
对于第一部分，您需要选择"；在表面上"；，这可能是溶剂可及的表面积，然后写一个脚本，根据这个指标找到所有超过特定阈值的氨基酸。Chimera突出显示了"；序列"；窗口中，所以若您的脚本选择了所有超过阈值的内容，那个么就会突出显示它们。
至于第二部分，所有氨基酸都是中性的、带正电的或带负电的，其中"；充电"；真正的意思是"；当它们离子化时"；。根据pH值和局部环境的不同，它们实际被电离(并因此带电(的时间百分比各不相同——尽管通常除了组氨酸(在接近生理pH的情况下电离(和半胱氨酸之外，大多数带电的氨基酸在细胞中都被显著电离。但所有的负氨基酸都带-1电荷，所有的正氨基酸都带+1电荷，没有-2或+2或更高的电荷。所以当你策划"；分级"；正如你所说，你正在绘制蛋白质表面给定点的电势，这是由附近所有带电氨基酸的总和效应产生的，根据库仑定律的修正形式，根据它们之间的距离加权，库仑定律考虑了水的屏蔽效应(这是非常重要的(。
将电势大小映射到颜色的数值是任意的，这是一个清晰度和审美趣味的问题——你想设置它们，使表面上的值映射到尽可能多的颜色范围，而不会有太多的极值得到"0"；剪切的"；在两端，以便捕捉到变化的全部范围。发现这只是一次尝试和错误。