在VMD中加载多个帧到psf文件

Question

如何在vmd中打开psf文件，然后仅使用行命令为该psf文件加载多个帧(dcd文件)?我有上百个dcd文件，我不想手动操作。

Answer 1

我建议首先使用catdcd将dcd文件连接在一起。http://www.ks.uiuc.edu/Development/MDTools/catdcd/

那么你就可以用你的psf文件加载一个巨大的dcd文件。

使用catdcd:catdcd -o output_file.dcd file1.dcd file2.dcd ... last_file.dcd

Answer 2

您尝试过以下操作吗? mol new yourfile.psf waitfor all mol addfile yourfile1.dcd waitfor all mol addfile yourfile2.dcd waitfor all ... mol addfile yourfileN.dcd waitfor all

如果你有数百个DCD文件，你可以在bash shell中使用如下命令创建VMD命令列表: for i in *dcd ; do printf "mol addfile %s waitfor alln" $i ; done > your_vmd_script.tcl

和源代码，当你在vmd中打开你的PSF: mol new yourfile.psf waitfor all source your_vmd_script.tcl

，但请确保您加载的数据量不超过系统的内存，否则它将开始交换到磁盘并变得无响应。