前几天，我试图更深入地研究这个问题，并提供一些见解。也许有了更多的见解，它终于可以解决了。
需要注意的事项：
- 安装不同的Python版本对我来说不是一个选择（我会在心跳中完成），因为我需要使用Gurobi线性编程求解器
- matplotlib是用libpng 1.5.14编译的，在运行时链接很好。在IPython控制台中，我可以使用它完美地绘制png图形
- 由于前一点，我认为错误一定发生在IPython Notebook中使用的后端，该笔记本也是使用matplotlib编译的
- 我正在尝试使用matplotlib 1.3的源代码，如果有人能让它与以前的版本一起工作，我也会很高兴
所以，当我试图在笔记本中绘制一些东西时，我从matplotlib得到的正常文本输出没有数字。在我启动笔记本的终端中，我可以看到以下错误：
libpng warning: Application built with libpng-1.2.41 but running with 1.5.14
由于我早些时候得出结论，问题一定出在后端，我检查了链接到那里的库：
otool -L /Library/Python/2.6/site-packages/matplotlib-1.3.0-py2.6-macosx-10.6-universal.egg/matplotlib/backends/_tkagg.so
我的系统输出为：
/Library/Python/2.6/site-packages/matplotlib-1.3.0-py2.6-macosx-10.6-universal.egg/matplotlib/backends/_tkagg.so:
/usr/lib/libstdc++.6.dylib (compatibility version 7.0.0, current version 7.9.0)
/usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 125.2.11)
/System/Library/Frameworks/Tcl.framework/Versions/8.5/Tcl (compatibility version 8.5.0, current version 8.5.7)
/System/Library/Frameworks/Tk.framework/Versions/8.5/Tk (compatibility version 8.5.0, current version 8.5.7)
因此，可能冒犯的候选人是Tcl和Tk。然后我运行：
find /System -name libpng*
事实上，我发现：
/System/Library/Tcl/8.4/Img1.4/libpngtcl1.2.24.dylib
/System/Library/Tcl/8.5/Img1.4/libpngtcl1.2.24.dylib
以及Python推出自己的：
/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/lib/libpng.3.dylib
/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/lib/libpng.dylib
/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/lib/libpng12.0.dylib
/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/lib/libpng12.dylib
我下载了Tcl/Tk 8.6的源代码，并自己编译了它们，希望它们能针对libpng进行编译，但事实并非如此。我仍然得到了同样的错误：
libpng warning: Application built with libpng-1.2.41 but running with 1.5.14
当我编译matplotlib时，它说由于补丁的原因，它提供了自己的libagg，我找不到它使用的是哪个tkagg，所以也许这就是问题所在？或者Python 2.6是由使用Tk编译的系统提供的，Tk与旧的libpng链接？
我想我可以尝试在Tcl/Tk 8.5的libpng版本或Python框架中可用的版本上编译matplotlib，看看两者是否都在libpng 1.2.41版本上运行。
有人知道这种情况可能发生在后端的哪里吗？以及如何修复编译以使用正确的libpng版本？
你解决问题了吗？我也遇到了类似的问题，在构建matplotlib时，我临时重命名了包含Python附带的libpng头文件的文件夹（在我的情况下，它是X11），从而解决了这个问题。安装matplotlib后，将文件夹重新命名。