在不知道数据大小的情况下，以numpy数组的形式从文件中读取浮点值

Question

我有这样的代码，它读取Fortran未格式化的数据文件，并将ascii输出写入一个新文件output.dat。我想把这个output.dat文件读到一个numpy数组中。然而，fromfile实用程序读取奇怪的值，我认为这是由于"dtype"不匹配造成的。我已经尝试了所有可能的数据类型，但仍然没有得到正确的值。有人能指导我在这里该做什么吗。

我的代码可以读取未格式化的fortran并编写ascii，还可以将ascii文件读取到numpy数组：

# Code unformatierten Fortran-Dateien mit Python lesen
import numpy as np
from struct import *
import fortranfile as fofi
from array import array
f = fofi.FortranFile('extract.bin',endian='>',header_prec='i')
x = f.readInts()
xx = f.readReals('f')
print x
print 'Die Lange von x ist',len(x)
print 'Dies ist'
print xx[0:20]
print 'Die Lange ist',len(xx)
dd = list(xx)
d  = list(x)

df=len(xx)/8
print 'Der Wert ist',df
g = fofi.FortranFile('output.dat',mode='w')
g.writeRecord(str(d))
g.write('n')
g.writeRecord(str(dd))
g.close()
filename = open('output.dat','rb')
field = np.fromfile(filename,dtype=np.float64)
filename.close()
print field

Python读取未格式化的fortran并将其写入输出文件。该文件包括一些DLE、FS和NUL字符，我不知道如何删除这些字符。"YS"字符也是转换的一部分。

  [1, 167, 133, 6]   
YS [0.0, 4.3025989e-07, 1.5446712e-06, 3.1393029e-06, 5.0430463e-06, 7.1382601e-06, `9.301104e-06, 1.1476222e-05, 1.3561337e-05, 1.5552534e-05, 1.7355138e-05, 1.9008177e-05, `2.0416919e-05, 2.1655113e-05, 2.2624969e-05, 2.3426954e-05, 2.3961067e-05, 2.4346635e-05, 2.4482841e-05, 2.4501234e-05, 2.4301233e-05, 2.4020905e-05, 2.3559202e-05, 2.3056287e-05, 2.2411346e-05, 2.1758024e-05, 2.1005515e-05, 2.0265579e-05, 1.9453466e-05, 1.8686056e-05, 1.7860904e-05, 1.7103739e-05, 1.6299076e-05, 1.5573576e-05, 1.4809892e-05, 1.4126301e-05, 1.3412908e-05, 1.2775883e-05, 1.2116507e-05, 1.1522323e-05, 1.0915101e-05, 1.0356307e-05, 

目前，我的输出是

[  1 167 133   6]
Die Lange von x ist 4 // The length of x is
Dies ist  // This is ( The actual value)
[  0.00000000e+00   4.30259888e-07   1.54467125e-06   3.13930286e-06
   5.04304626e-06   7.13826012e-06   9.30110400e-06   1.14762224e-05
   1.35613373e-05   1.55525340e-05   1.73551380e-05   1.90081773e-05
   2.04169191e-05   2.16551125e-05   2.26249686e-05   2.34269537e-05
   2.39610672e-05   2.43466347e-05   2.44828407e-05   2.45012343e-05]
Die Lange ist 133266 // The length is
Der Wert ist 16658  // The value (after reading with numpy) is
[  4.66529177e-062   3.47245665e-313   3.28870023e-086 ...,
   1.05249949e-153   1.69339332e-052   3.30673243e+093]

numpy读取之后的值与读取之前的数组不同。我该怎么解决这个问题并将所有这些值读取到我选择的numpy数组中？此外，如果您对阅读fortran未格式化文件有更好的建议，请发表评论。

Answer 1

如果您在Linux上，请使用translate实用程序tr删除除0-9+-之外的所有字符。e f inf NaN空白选项卡换行符：

tr -C -d '0-9 + - . ef EF inf NaN tn'  < in  > out  # delete non-numbers

（不太确定你是否想这么做）。

此外，请使用fromfile( file, sep=' ' )
读取由空格（空格、制表符、换行符）分隔的数字的文本文件
默认CCD_ 2用于读取二进制文件。

Viel Glueck