根据列匹配从两个输入文件创建输出文件

Question

我需要使用 linux 命令从两个输入文件创建一个文件

输入 1：

21 33210001 rs60180678 G T 100 PASS AVGPOST=1.0000;RSQ=0.9885;THETA=0.0002;AA=G;AN=2184;VT=SNP;LDAF=0.0019;SNPSOURCE=LOWCOV;AC=4;ERATE=0.0003;AF=0.0018;AFR_AF=0.01 GT:DS:GL

输入 2：

21 33210001 . G T . . ;AA=0.0163934;AFE=0;ASNE=0;EUN=0;AFW=0.0113636;MED=0;LAT=0;VT=SNP;AF=0.0018

预期输出：

21 33210001 rs60180678 G T . . ;AA=0.0163934;AFE=0;ASNE=0;EUN=0;AFW=0.0113636;MED=0;LAT=0;VT=SNP;AF=0.0018

每个列由制表符空格分隔。

基于第 1、2、4 和 5 列匹配创建输出。

out文件的每一列都由制表符空格分隔。

Answer 1

这是awk的一种方法：

awk 'BEGIN { FS=OFS="t" } FNR==NR { a[$1,$2,$4,$5]=$3; next } ($1,$2,$4,$5) in a { $3=a[$1,$2,$4,$5] }1' file1 file2

结果：

21 33210001 rs60180678 G T . . ;AA=0.0163934;AFE=0;ASNE=0;EUN=0;AFW=0.0113636;MED=0;LAT=0;VT=SNP;AF=0.0018

Answer 2

另一种解决方案：

awk 'BEGIN{FS=OFS="t"}{getline a < "file2"; split(a,b,"t");print $1,$2,$3,$4,$5,b[6],b[7],b[8]}' file1