将foreach循环的输出保存在R NMF包中

Question

我很抱歉，因为我知道这个问题以前有人问过，但我尝试了大多数答案的变体，但没有帮助。

我正在使用 foreach 包对一组数据运行 NMF 算法的循环。我正在尝试使用 ExtractFeatures 函数提取基础名称集，该函数将每次运行输出为您确定的排名数的列表（在我的示例中为 3）。

这是我下面的代码（我使用了 NMF 晕影中的示例数据集）：

library("NMF")
library("doParallel")
library("foreach")
#load vignette dataset and shorten it for time's sake
data(esGolub)
esGolub <- esGolub[1:200,]
#output matrix
Extract_Genes <- matrix()
#set cores
registerDoParallel(cores = 3)
#Loop NMF runs and extract features
foreach(i =1:4, .packages = "NMF") %dopar%{
  i <- nmf(esGolub, 3, nrun = 1)
  Extract_Genes <- extractFeatures(i, format = "list")
}

这将输出提取的基因列表，如下所示：

[[1]]
[[1]][[1]]
[1]  43 120 128 130
[[1]][[2]]
[1]  94   1 112  42   8  64  96 182  59  41  69  25  26
[[1]][[3]]
[1]  39  74   2  91 190 167 103 129 174

3

次运行 3 次，但它没有保存。有人对如何保存这些输出有任何建议吗？

提前谢谢你，J

Answer 1

Imo 的评论工作正常：

myList <- foreach(i =1:4, .packages = "NMF") %dopar%{