如何更改python脚本，如果不存在文件，它将继续循环

Question

在我的脚本中，我循环在多个子目录上，并创建子目录中3个文件的数据框架。我想将每个子目录的输出写入每个子目录，但是我的代码给出了一个错误：" df1未定义"在使用

的线上

dfmerge1 = pd.merge(df1, df2, on=['genome', 'contig'], how='outer')

这可能是由于并非所有文件都存在于子目录中，并且脚本停止。我希望脚本继续下一个子目录，如果一个子dir不包含所有三个文件。我怎样才能做到这一点？

我的代码是

import os
import pandas as pd
print('Start merging contig files')
for root, dirs, files in os.walk(os.getcwd()):
    filepath = os.path.join(root, 'genes.faa.genespercontig.csv')
    if os.path.isfile(filepath):
        with open(filepath, 'r') as f1:
            df1 = pd.read_csv(f1, header=None, delim_whitespace=True, names = ["contig", "genes"])
            df1['genome'] = os.path.basename(os.path.dirname(filepath))
    filepath = os.path.join(root, 'hmmer.analyze.txt.results.txt')
    if os.path.isfile(filepath):
        with open(filepath, 'r') as f2:
            df2 = pd.read_csv(f2, header=None, delim_whitespace=True, names = ["contig", "SCM"])
            df2['genome'] = os.path.basename(os.path.dirname(filepath))
    filepath = os.path.join(root, 'genes.fna.output_blastplasmiddb.out.count_plasmiddbhit.out')
    if os.path.isfile(filepath):
        with open(filepath, 'r') as f3:
            df3 = pd.read_csv(f3, header=None, delim_whitespace=True, names = ["contig", "plasmid_genes"])
            df3['genome'] = os.path.basename(os.path.dirname(filepath))
    #merge dataframes
    dfmerge1 = pd.merge(df1, df2, on=['genome', 'contig'], how='outer')
    df_end = pd.merge(dfmerge1, df3, on=['genome', 'contig'], how='outer')
    #set NaN in columns to 0
    nan_cols = df_end.columns[df_end.isnull().any(axis=0)]
    for col in nan_cols:
        df_end[col] = df_end[col].fillna(0).astype(int)
    df_end.to_csv(os.path.join(root, 'outputgenesdf.csv'))

Answer 1

您正确地检查了filepath的存在，但您没有处理不存在文件的情况。因此，如果文件不存在，则df1将是上一个循环迭代中的剩余值，或者如果这是第一次通过循环的情况。

。

if os.path.isfile(filepath):
    with open(filepath, 'r') as f1:
        df1 = pd.read_csv(f1, header=None, delim_whitespace=True, names = ["contig", "genes"])
        df1['genome'] = os.path.basename(os.path.dirname(filepath))
else:
    continue