R MLR 包:阻止 makeClassifTask 删除测试集的空因子水平



我有一个涉及分类预测变量的二元分类问题Var1 & Var2

> head(traindata)
#  ID   Var1 Var2 response
# 1 101   -2   0      0
# 2 201    0  -1      1
# 3 301    0  -2      0
# 4 401   -1   0      0
# 6 501    0  -1      1

训练集包括所有-2,-1,0作为Var1级别,但测试集不包括-1作为Var1中的输入。

我确实确保Var1包含测试集中的所有级别:

testdata$Var1 <- factor(testdata$Var1, levels = levels(traindata$Var1)

因此,即使检验数据在其记录中不包含-1,空白因子水平也确实存在。

但是当我尝试使用以下方法为测试集创建任务时:

testtask <- makeClassifTask(data = testdata, target = "response", positive = "1")

我收到一条警告,指出列的空因子水平已被删除:Var1

我也尝试设置fixup.data = "no"参数。它给出以下错误:

testtask <- makeClassifTask(data = testdata, target = "response", positive = "1", fixup.data = "no")
# Error in (function (cn, x)  :
#   Column 'Var1' contains empty factor levels.

PS:我不是自己对测试数据进行重采样,它是一个我不知道响应变量的外部数据集。

此外,在创建任务之前,我确实为测试集中的响应变量重新编码了虚拟值。

我会将此作为答案发布,因为您不理解我的评论。下面是一个使用来自 mlbench 的数据集 Sonar 的可重现示例:

library(mlr)
library(mlbench)
library(caret)
data(Sonar)

拆分为训练集和测试集:

ind <- createDataPartition(Sonar$Class, p = 0.8, list = FALSE)
train.Sonar <- Sonar[ind,]
test.Sonar <- Sonar[-ind,]

火车。声纳和测试。声纳是数据帧。

完成任务、学习者和培训:

task <- makeClassifTask(data = train.Sonar, target = "Class",  positive = "R")
lrn <- makeLearner("classif.rpart", predict.type = "prob")
mod <- mlr::train(lrn, task) #caret trains masks mlr train 
pred <- predict(mod, newdata = test.Sonar)
pred
#output
Prediction: 41 observations
predict.type: prob
threshold: M=0.50,R=0.50
time: 0.00
   truth     prob.M    prob.R response
2      R 0.86956522 0.1304348        M
3      R 0.86956522 0.1304348        M
6      R 0.86956522 0.1304348        M
13     R 0.07692308 0.9230769        R
22     R 0.11111111 0.8888889        R
25     R 0.07692308 0.9230769        R
... (#rows: 41, #cols: 4)

如果你只是这样做

pred <- predict(mod, test.Sonar)

然后是你提到的错误: 预测中的错误(mod,测试。声纳( : 对"任务"的断言失败:必须具有类"任务",但具有类"data.frame"。

由于函数假定数据框作为任务参数传递。

predict.WrappedModel的帮助下:

对象 [包装模型] 包裹模型,训练结果。

任务

[任务] 任务。如果传递此任务,则此任务中的数据为 预测。

newdata [data.frame] 应该预测的新观察结果。通过 这或者代替任务。

给出以下参数。您需要将check.datafixup.data一起使用。希望这对:)有所帮助

语法:

testtask = makeClassifTask(data = testdata, target = "response", positive = "1",fixup.data = "no",check.data = FALSE)

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