改进内存效率低下的脚本

Question

我必须从 5 个单独的映射创建一个概率体素映射，这些映射是包含 1 或 0 的二进制映射。让我们称这些单独的地图为X1，X2，x3，X4，X5。为了获得概率图，我Y = (X1 + X2 + X3 + X4 + X5)/5.因此，每个体素都会给我以 1 作为该体素值的单个地图的百分比。例如，如果 Y 中体素的值为 0.4，则告诉我 40% 的单个地图（2 个单独的地图）具有 1 作为该特定体素的值。我遇到的问题是，当单个地图的数量增加时，我的脚本变得非常庞大。这就是我所拥有的

maindir=<where my individual maps are>
P={};
subj={'subj1','subj2','subj3','subj4','subj5'}
for a = 1:length(subj)
   indv_roi=spm_select('FPList',fullfile(maindir),sprintf('^%s.*\.img$',subj{a}));
   P.(subj{a}) = spm_read_vols(spm_vol(indv_roi),1);
   P.(subj{a})(isnan(P.(subj{a})))=0;
end
Y = (P.subj1+P.subj2+P.subj3+P.subj4+P.subj5)/5

显然，这是非常低效的。有人对如何改进我的代码有建议吗？谢谢。

Answer 1

我想记忆是你的瓶颈？

无需将所有图像加载到内存中然后计算平均值，您可以在循环中添加体素映射并最终归一化。这样，在任何给定点，内存中只需要一个图像：

Y = init_empty_volume()
subj={'subj1','subj2','subj3','subj4','subj5'}
for a = 1:length(subj)
   indv_roi=spm_select('FPList',fullfile(maindir),sprintf('^%s.*\.img$',subj{a}));
   X = spm_read_vols(spm_vol(indv_roi),1);
   X(isnan(X))=0;
   Y = Y + X;
end
Y = Y ./ length(subj)

对于init_empty_volume()，我的意思是要么用正确的尺寸初始化一个空矩阵，要么加载一个示例图像并乘以零，在你的情况下更容易。