Conda env 中的 shell 脚本无法执行 mkdir

Question

我们在一个运行conda的Ubuntu系统上。 在一个环境(python2，pandas，其他软件包(中，我们尝试运行一个shell脚本，该脚本： 1. 创建目录 (MKDIR( 2. 运行路径在 PATH (.bashrc( 中的可执行文件

这些都不起作用，我想这是我们的配置错误。

以下是错误：

mkdir: cannot create directory ‘ResultsSparCC/Resamplings2’: No such file or directory
mkdir: cannot create directory ‘ResultsSparCC/Bootstraps’: No such file or directory
./sparccWrapper.sh: line 31: ResultsSparCC/sparcc.log: No such file or directory
Traceback (most recent call last):
File "/home/charlesh/binf/src/sparcc/MakeBootstraps.py", line 9, in <module>
from analysis_methods import permute_w_replacement
File "/home/binf/src/sparcc/analysis_methods.py", line 7, in <module>
from pandas import DataFrame as DF
ImportError: No module named pandas

但是，熊猫安装在环境中：

$conda list|grep pandas
pandas                    0.23.1           py27h637b7d7_0  

下面是脚本中违规代码的片段：

#!/bin/bash
////
INPUT_PATH="foo.txt"
OUTPUT_PATH="ResultsSparCC"
///
mkdir  $OUTPUT_PATH/Resamplings2
mkdir  $OUTPUT_PATH/Bootstraps

建议？

Answer 1

主要建议是：阅读错误消息。

mkdir: cannot create directory ‘ResultsSparCC/Resamplings2’: No such file or directory

mkdir抱怨没有目录ResultsSparCC它应该在其中创建Resamplings2。

那么，如果你做ls -l，你看到目录ResultsSparCC吗？应该不会。如果你手动做'mkdir ResultsSparCC/Resamplings2'会发生什么？

如果创建目录ResultsSparCC，则所有脚本都应有效。

或者，使用mkdir -p：

#!/bin/bash
#////
INPUT_PATH="foo.txt"
OUTPUT_PATH="ResultsSparCC"
///
mkdir -p $OUTPUT_PATH/Resamplings2
mkdir -p $OUTPUT_PATH/Bootstraps