通过顶点索引删除边缘的更快方法 [igraph Python]

Question

我正在使用人工智能，我的一种算法需要添加和删除边缘。我可以用igraph做到这一点，但我的问题是：它太慢了。

如果我使用两个字典，我可以在 0.2 秒内运行我的代码。但是对于igraph，我花了超过5秒。而且我不知道如何提高代码性能。

下面的代码是算法的一部分。这将删除两个顶点列表之间的所有边。有人知道如何以更好的性能做到这一点吗？

for vertexI in self.vertexSI:
    for vertexJ in self.vertexSJ:
        try:
            nOfLoops += 1
            edgeID = self.g.get_eid(vertexI.index, vertexJ.index)
            self.g.delete_edges(edgeID)
        except Exception as e:
            nOfErrors += 1

谢谢。

Answer 1

iGraph的数据结构针对快速查询进行了优化，但更新速度不快。igraph 图中有几个数据结构，每当您添加顶点、删除顶点、添加边或删除边时，都必须更新/重新索引。在许多情况下，删除单个边的成本几乎与在一次传递中删除许多边的成本一样高。

例如，如果我理解正确，您上面的目标是删除落在两个顶点组(self.vertexSI和self.vertexSJ(之间的所有边。您可以像上面一样执行此操作，但是这会非常慢，因为您要逐个删除边缘。您可以通过将要首先删除的边缘的 ID 收集到列表中，然后在最后使用该列表调用 self.g.delete_edges() 来加快速度。但是有一个更简单的单行代码(假设你的图形是无向的(：

self.g.es.select(_between=(self.vertexSI, self.vertexSJ)).delete()