Pandas bar绘图仅显示非零传奇

Question

我有一个像这样的pandas dataframe df1：

Sample_names   esv0   esv1   esv2  esv3   ...    esv918  esv919  esv920  esv921
pr1gluc8NH1     635      0   6222     0   ...         0       0       0       0
pr1gluc8NH2    3189     75   9045     0   ...         0       0       0       0
pr1gluc8NHCR1     0   2152  12217     0   ...         0       0       0       0
pr1gluc8NHCR2     0  17411   1315     0   ...         0       1       0       0
pr1sdm8NH1      365      7   4117    32   ...         0       0       0       0
pr1sdm8NH2     4657     18  13520     0   ...         0       0       0       0
pr1sdm8NHCR1      0    139   3451     0   ...         0       0       0       0
pr1sdm8NHCR2   1130   1439   4163     0   ...         0       0       0       0

您可以看到，有许多零值。我想绘制一个堆叠的条形图：

df1.plot(kind='bar',stacked=True)

这可以正常工作，并提供正确的条形图。但是传说很大，因为它为所有922值创造了传说。每个sample_names只有大约40-50个非零值；因此，原则上，传说可以较小。有什么方法可以使其仅以非零值打印传说？我将不胜感激任何帮助。

注意：如果有帮助，我创建了一个字典，其中每个元素是一个sample_names及其非零列的数据框。例如，我的字典V具有8个元素，每个元素都是数据框架。V [0]看起来像

Index       pr1gluc8NH1
esv2          6222
esv9          4879
esv27         2050

等等（它有43个非零行）。

v [1]是相同的，但对于下一个样本。如果可能的话，我也可以使用此词典来制作图。

Answer 1

我遇到了一个类似的问题，创建了一个堆叠的条形图，并且仅标记一些数据以避免巨大的传说。我使用子图解决了它，并根据条件在for循环中手动设置标签，从这里和这里汲取灵感。

我重新创建了您的数据框的较小版本：

import pandas as pd
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
data = [['pr1gluc8NH1',635,0,6222,0,23,3,543],['pr1gluc8NH2',3189,75,9045,0,55,5,66],['pr1gluc8NHCR1',0,2152,12217,0,43,67,43],['Bpr1gluc8NHCR2',0,17411,1315,0,889,56,0],['pr1sdm8NH1',365,7,4117,32,765,34,0]]
df = pd.DataFrame(data, columns = ['Sample_names','esv0','esv1','esv2','esv3','esv4','esv5','esv6'])
df = df.set_index('Sample_names')
print(df)
                esv0   esv1   esv2  esv3  esv4  esv5  esv6
Sample_names                                              
pr1gluc8NH1      635      0   6222     0    23     3   543
pr1gluc8NH2     3189     75   9045     0    55     5    66
pr1gluc8NHCR1      0   2152  12217     0    43    67    43
Bpr1gluc8NHCR2     0  17411   1315     0   889    56     0
pr1sdm8NH1       365      7   4117    32   765    34     0

然后，我迭代数据框架并从每列中绘制值，作为堆叠在先前条顶上的条图。只有没有零值的列将标签添加到传奇中。

mycolors = sns.color_palette(n_colors=10) #set color palette with seaborn colors
f, ax1 = plt.subplots()
bot_array = [] #need this for representing values already plotted
labels = df.columns.values.tolist() #get labels from column names
#Create base bar separately because it doesn't require 'bottom' value
col = df.iloc[:,0].to_list()
if float(0) in col:
  ax1.bar(range(len(col)), col, label="", color=mycolors[0])
  bot_array = np.array(col)
else:
  ax1.bar(range(len(col)), col, label=labels[0], color=mycolors[0])
  bot_array = np.array(col)
#Loop over dataframe and add each column as a new colored bar with label only if there are no zero values in that column
for i in range(1,len(df.columns)):
  cur_color = mycolors[i]
  col = df.iloc[:,i].to_list()
  if float(0) in col:
    ax1.bar(range(len(col)), col, bottom=bot_array, label="", color=mycolors[i])
    bot_array = np.array(col)+bot_array
  else:
    ax1.bar(range(len(col)), col, bottom=bot_array, label=labels[i], color=mycolors[i])
    bot_array = np.array(col)+bot_array
ax1.set_ylabel('Count')
plt.legend(loc='upper right')

堆叠的酒吧图有限的传奇