使用Ctypes在Python中加载编译的Matlab共享库

Question

我试图在Python中做不完全Cholesky分解，但我找不到直接的Python包。

由于我能在网上找到的大多数可用代码都是用Matlab编写的，因此我想绕过

• 将matlab代码编译为共享库(我使用Mac OS和MATLAB_R2014a，因此它应该产生.dylib文件)
• 在Python中使用Ctypes加载库

下面列出了详细的步骤:

<标题> 0。下载Matlab源代码

代码可从F. Bach的网页链接下载到zip文件，其中包含以下文件:

panc:csi-1.0 panc25$ ls
center.m            csi.dll             csi.mexglx          csi_gaussian.dll    csi_gaussian.mexglx readme.txt
csi.c               csi.m               csi_gaussian.c      csi_gaussian.m      demo_csi.m          sqdist.m

<标题> 1。将matlab代码编译为共享库

然后按照这篇文章，我运行命令:

mcc -v -W cpplib:libcsi -T link:lib csi

大约一分钟后，终端打印出MEX completed successfully，在我的文件夹中有

panc:csi-1.0 panc25$ ls
center.m             csi.m                csi_gaussian.dll     demo_csi.m           libcsi.exports       readme.txt
csi.c                csi.mexglx           csi_gaussian.m       libcsi.cpp           libcsi.h             sqdist.m
csi.dll              csi_gaussian.c       csi_gaussian.mexglx  libcsi.dylib         mccExcludedFiles.log

其中libcsi.dylib是我想要的共享库。

<标题> 2。在Python中加载库

然后我打开IPython并尝试加载库:

In [1]: import ctypes
In [2]: ctypes.C
ctypes.CDLL       ctypes.CFUNCTYPE
In [2]: ctypes.CDLL('libcsi.dylib')
---------------------------------------------------------------------------
OSError                                   Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-b6d0c1a91651> in <module>()
----> 1 ctypes.CDLL('libcsi.dylib')
/Users/panc25/anaconda/lib/python2.7/ctypes/__init__.pyc in __init__(self, name, mode, handle, use_errno, use_last_error)
    363
    364         if handle is None:
--> 365             self._handle = _dlopen(self._name, mode)
    366         else:
    367             self._handle = handle
OSError: dlopen(libcsi.dylib, 6): Library not loaded: @rpath/libmwmclmcrrt.8.3.dylib
  Referenced from: /Users/panc25/Downloads/csi-1.0/libcsi.dylib
  Reason: image not found

即使我将ctypes.CDLL('libcsi.dylib')中的文件名替换为完整路径，这个问题仍然存在。

所以我很困惑。共享库在那里，但是为什么Python说"image not found"?

<标题>顺便说一句

由于源代码还通过mex.h提供C实现，我还尝试先创建一个.mex文件，然后将.mex编译为共享库，如下所示:

panc:csi-1.0 panc25$ mex csi.c

创建了csi.mexmaci64文件。然后根据这个链接，我打电话给:

panc:csi-1.0 panc25$ mcc -B csharedlib:csi2 csi.mexmaci64

生成csi2.dylib文件

但是当我试图在Python中加载它时，我有同样的错误。

谁能让我知道什么是错的?

Answer 1

我将完全避免使用Matlab，而是使用PyMC2中提供的不完全乔里斯基分解:

from pymc.gp.incomplete_chol import ichol_full

可以在这里找到f2py包装的Fortran代码，它实际上是改编自一个MEX文件。因此，如果需要，您可以独立于PyMC2使用它。

如果您感兴趣，您也可以建议将此函数添加到sciy(请参阅此github问题)。