我们使用Google Genomics ReadGroupSets来存储我们的比对数据(BAM文件),它运行得非常好,直到昨天…
昨天(08/29/2016)我们的导入作业(方法:readgroupsets.import)启动了"running"状态,但直到现在还没有达到"done"或错误消息。
还有人遇到同样的问题吗?
。:作业运行1天,无错误信息。
$ gcloud alpha genomics operations describe identifier
done: false
metadata:
'@type': type.googleapis.com/google.genomics.v1.OperationMetadata
clientId: ''
createTime: '2016-08-30T01:08:57.000Z'
events: []
projectId: xxxxxxx
request:
'@type': type.googleapis.com/google.genomics.v1.ImportReadGroupSetsRequest
datasetId: 'xxx'
partitionStrategy: PER_FILE_PER_SAMPLE
referenceSetId: ''
sourceUris:
- gs://xxx/yyy/zzz.bam
name: operations/identifier
昨天我们在从Google Storage中的对象获取"公共链接"时也遇到了暂时的问题,但现在这个问题已经解决了。
edit:我还尝试使用gcloud cli触发导入作业,指向另一个数据集和另一个云项目,但作业仍然保持在"运行"。
edit2:我使用Google Genomics约3个月,已成功导入400多个比对。只是这周我遇到了问题。
edit3: 解决。
不好意思。ReadGroupSets导入目前不能工作,请参阅https://groups.google.com/forum/#!主题/google-genomics-discuss aWV8NjAbaFg
昨天下午有一个积压,我甚至没有看到你开始的阶段。我将取消操作并重新提交。
保罗