在OSX上使用conda环境安装Galsim:fftw / tmv文件无法正确链接

Question

我已经安装了 fftw 并使用 conda 进行提升;

康达安装 -C https://conda.anaconda.org/anaconda 提升

康达安装 -C https://conda.anaconda.org/nlesc FFTW

带 SCON 的 TMV

tmv0.72）{58}> scons install PREFIX=/home/rgm/local

具有前面指定的各种变量的 SCON，如下所示：

scons 
scons: Reading SConscript files ...
SCons is version 2.3.5 using python version 2.7.10
Python is from /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/include/python2.7
Using the following (non-default) scons options:
PREFIX = /home/rgm/local/
TMV_DIR = /Users/rgm/local
FFTW_DIR = /Users/rgm/anaconda/
BOOST_DIR = /Users/rgm/anaconda/
These can be edited directly in the file gs_scons.conf.
Type scons -h for a full list of available options.
Using python =  /home/rgm/anaconda/bin/python
Using default PYPREFIX =  /home/rgm/anaconda/lib/python2.7/site-packages
Using compiler: /home/rgm/anaconda/bin/g++
compiler version: 4.8.5
Determined that a good number of jobs = 4
Checking for C++ header file fftw3.h... yes
Checking for correct FFTW linkage... yes
Checking for boost header files... yes
Boost version is 1.57.0
Checking for C++ header file TMV.h... yes
TMV version is 0.72
Using TMV_LINK file: /Users/rgm/local/share/tmv/tmv-link
 -L/home/rgm/local/lib -ltmv -lblas -lpthread -fopenmp
Mac version is 10.10.5
XCode version is 7.2
Checking for correct TMV linkage... (this may take a little while)
Checking for correct TMV linkage...
Error: TMV file failed to link correctly
Check that the correct location is specified for TMV_DIR

在配置中查找.log有如下行：

Undefined symbols for architecture x86_64:
  "_fftw_destroy_plan", referenced from:
  _main in conftest_2.o

Answer 1

这里的直接问题是它在运行时找不到OpenMP库（libgomp.1.dylib）。 以下是配置中的相关行.log：

g++ -o .sconf_temp/conftest_16 -fopenmp .sconf_temp/conftest_16.o -Llib -L/Users/rgm/anaconda/lib -L/Users/rgm/local/lib -L/home/rgm/local/lib -ltmv_symband -lfftw3 -lpthread -ltmv -lblas -lpthread
.sconf_temp/conftest_16 > .sconf_temp/conftest_16.out
dyld: Library not loaded: @rpath/./libgomp.1.dylib
  Referenced from: /data/vault/rgm/soft/MACOS/GalSim/.sconf_temp/conftest_16
  Reason: image not found
sh: line 1: 20592 Trace/BPT trap: 5       .sconf_temp/conftest_16 > ".sconf_temp/conftest_16.out"

我以前在Mac上使用Anaconda时遇到过类似的麻烦。 他们似乎试图强迫Mac使用Unix风格的运行时库分辨率，而不是遵循Mac的正常方式，这是根本不同的。 特别是，这个@rpath的东西在Linux/Unix系统上工作得很好，但在Mac上就不那么好了。 我想使用他们自己的 conda 安装的库，他们有办法让它正常工作，但它不能很好地与以普通 Mac 方式安装的外部库配合。

无论如何，由于它只是 TMV 中的 OpenMP 内容，而 GalSim 中的矩阵操作从来都不是时间关键型操作，因此最简单的选择可能是使用 scons install WITH_OPENMP=false 在没有 OpenMP 支持的情况下安装 TMV。

然后再次尝试安装 GalSim。