对两个数组中的每个变量组合执行一个函数

Question

我试图获取一组数据，并用另一组数据减去该数据中的每个值。

例如：

Data set one (1, 2, 3)
Data set two (1, 2, 3, 4, 5)

所以我应该得到(1 - (1 .. 5))，然后是(2 - (1..5))，等等

我目前有：

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
my $inputfile = $ARGV[0];
open( INPUTFILE, "<", $inputfile ) or die $!;
my @array = <INPUTFILE>;
my $protein = 'PROT';
my $chain   = 'P';
my $protein_coords;
for ( my $line = 0; $line <= $#array; ++$line ) {
    if ( $array[$line] =~ m/s+$proteins+/ ) {
        chomp $array[$line];
        my @splitline = ( split /s+/, $array[$line] );
        my %coordinates = (
            x => $splitline[5],
            y => $splitline[6],
            z => $splitline[7],
        );
        push @{ $protein_coords->[0] }, %coordinates;
    }
}
print "$protein_coords->[0]->[0]->{'z'} n";
my $lipid1 = 'MEM1';
my $lipid2 = 'MEM2';
my $lipid_coords;
for ( my $line = 0; $line <= $#array; ++$line ) {
    if ( $array[$line] =~ m/s+$lipid1s+/ || $array[$line] =~ m/s+$lipid2s+/ ) {
        chomp $array[$line];
        my @splitline = ( split /s+/, $array[$line] );
        my %coordinates = (
            x => $splitline[5],
            y => $splitline[6],
            z => $splitline[7],
        );
        push @{ $lipid_coords->[1] }, %coordinates;
    }
}
print "$lipid_coords->[1]->[0]->{'z'} n";

我试图取$protein_coords->[0]->[$ticker]->{'z'}中的每一个值减去$lipid_coords->[1]->[$ticker]->{'z'}中的每个值。

我的总体目标是在方程d = sqrt((x2-x1)^2+(y2-y1)^2-(z2-z1)^2)中找到(z2-z1)^2。我想，如果我能做一次，那么我也可以为X和Y做。从技术上讲，我试图找到PDB文件中每个原子与同一PDB中每个脂质原子之间的距离，并打印距离小于5A的ResID。

Answer 1

要迭代两个数组的所有组合，只需嵌入两个for循环：

use strict;
use warnings;
my @dataone = (1, 2, 3);
my @datatwo = (1, 2, 3, 4, 5);
for my $one (@dataone) {
    for my $two (@datatwo) {
        print "$one - $twon";
    }
}

输出：

1 - 1
1 - 2
1 - 3
1 - 4
1 - 5
2 - 1
2 - 2
2 - 3
2 - 4
2 - 5
3 - 1
3 - 2
3 - 3
3 - 4
3 - 5

Answer 2

这将给出从集合1的每个元素中减去集合2的每个元素的结果，我相信这就是您所要求的方式。

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
my @set1 = (1, 2, 3);
my @set2 = (1, 2, 3, 4, 5);
my @set3 = ();
for my $val (@set1) {
    push @set3, map { $val - $_ } @set2;
}
local $" = ', ';
print "@set3n";
system 'pause';

结果将是一个包含（1-（1..5），2-（1..5），3-（1.5））的数组

脚本运行后@set3的内容：

0, -1, -2, -3, -4, 1, 0, -1, -2, -3, 2, 1, 0, -1, -2

所有其他蛋白质和脂质的东西都让我难以想象，但我希望这至少能有所帮助。现在，您应该有一个包含减法元素的数组，您可以使用它来获得剩余的结果！

---

编辑：

可以用这一行替换环路：）

my @set3 = map { my $v = $_; map { $v - $_ } @set2 } @set1;

地图是一个非常漂亮的功能！

Answer 3

最简单的方法是在处理文件二时进行计算：

for (my $line = 0; $line <= $#array; ++$line) {
    if (($array[$line] =~ m/s+$lipid1s+/) | ($array[$line] =~ m/s+$lipid2s+/)) {  
        chomp $array[$line];
        my @splitline = (split /s+/, $array[$line]);
        my %coordinates = (x => $splitline[5],
                           y => $splitline[6],
                           z => $splitline[7],
                          );
        push @{$lipid_coords->[1]}, %coordinates;
        # go through each of the sets of protein coors in your array...
        for my $p (@{$protein_coords->[0]}) {
            # you can store this value however you want...
            my $difference = $protein_coords->[0][$p]{z} - $coordinates{z};
        }
    }
}

如果我是你，我会使用某种形式的唯一标识符来访问每个组合的数据——例如，构建一个形式为$difference->{<protein_id>}{<lipid_id>} = <difference>的哈希。