含有foreach的R软件包将与多帕尔(Doparall)但不使用DOMPI一起使用，找不到对象

Question

我正在尝试编写一个R包，其中包含嵌套功能，并在foreach语句和DOMPI后端中。它正在抛出一个"找不到" xxx"对象错误。奇怪的是，如果我使用多帕尔作为后端，就不会发生此错误。这是问题的一个示例更大的问题。

这是已使用RSTUDIO，ROXYGEN，DEVTOOLS等编译为R-A-A-A-A-A-A-takage的代码。

#' Test function level 1
#' @param var11 first variable for function 1
#' @param var12 second variable for function 1
#' @param var13 third variable for function 1
#' @export fun1
fun1 <- function (fun2.params, fun3.params, var11, var12, var13, ...) {
    results <- data.frame (foreach::`%dopar%`(
               foreach::`%:%`(foreach::foreach(j = 1:var11, .combine = cbind),
               foreach::foreach (i = 1:var12, .combine=rbind)),
               {
                   out3 <- replicate(var13,
                                     do.call(fun2,
                                             c(list(fun3.params=fun3.params),
                                               fun2.params)))
                   output2 <- data.frame(mean(out3))
        }
    )
)
    ## save outputs for subsequent analyses if required
saveRDS(results, file = paste("./outputs/", var13 ,"_", var12, "_", var11, "_",
                              format(Sys.time(), "%d_%m_%Y"), ".rds", sep=""))
}
#' Test function level 2
#' @param var21 first variable for function 2
#' @param var22 second variable for function 2
#' @export fun2
fun2 <- function (fun3.params, var21, var22, ...) {
    out2 <- `if` (rpois(1, var21) > 0, var22 * do.call(fun3, fun3.params), 0)
}
#' Test function level 3
#' @param var31 first variable for function 3
#' @param var32 second variable for function 3
#' @param var33 third variable for function 3
#' @export fun3
fun3 <- function (var31, var32, var33, ...) {
    out3 <- var31 * rnorm(1, mean=var32, sd= var33)
}

i然后加载库，并使用emacs ess（或rstudio编辑器）从一个.r文件调用顶级函数，这些命令

library(toymod)
library(doParallel)
cl <-makeCluster(10)
registerDoParallel(cl)
fun1.params <- list(var11=10, var12=150, var13=365)
fun2.params <- list(var21=0.05,var22=9.876)
fun3.params <- list(var31=1.396,var32=14.387,var33=3.219)
do.call(fun1, c(list(fun2.params = fun2.params,
                     fun3.params = fun3.params),
                fun1.params))

当我使用多巴平行作为并行后端运行它时，它可以正常工作，但是当我使用DOMPI运行它时，我会得到以下错误

Error in { : task 12 failed - "object 'fun2' not found"

使用R 3.4.1，DOMPI 0.2.2和多巴平行，这是在Ubuntu 16.04 Linux上运行的。我已经将整个软件包放在https://github.com/jamaas/toymod.git

上

有人可以告诉我我是否需要更改DOMPI的代码？它似乎与生产R软件包有关。

Answer 1

我相信问题是您需要使用foreach .packages='toymod'选项。这是因为foreach循环的主体实际上并不是" toymod"软件包的一部分，因此您需要像从任何其他R软件包访问功能一样加载'toymod'。

我不知道为什么在使用多帕尔时不需要。我猜多帕尔必须自动加载foreach循环所在的软件包。我会进一步调查，也许修改dompi做同样的事情。