如何创建图像立方体

Question

我是R的新手，想将其用于我的数据分析和可视化。

我有一个大约38575行（像素）和600列的数据框架。每列包含分析物的强度，导致每个像素的光谱。我也有每个像素的x和y坐标来创建一个数据立方体（数组），从某种意义上说，如果我说image_cube [1,1，]给我第一个频谱，如果我说image_cube [,, 1]，i获取所有像素的图像，显示第一个分析物的强度。并非所有像素都有一个频谱，并且不在数据框架中，它们应该只是空像素（黑色）。

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我尝试使用以下代码，而ROI数据是大数据框架和sample_overview，每个像素的变量包含x和y坐标：

ROI_cube <- array(rep(0, 311*381*603), dim=c(311, 381, 603))   
for (i in 1:dim(ROI_data)[1]) {
  ROI_cube[sample_overview[i,2], sample_overview[i,1],] = ROI_data[i,]
}

但是我会收到以下错误：

Error in ROI_cube[sample_overview[i, 1], sample_overview[i, 2], ] <- ROI_data[i,  : 
  incorrect number of subscripts

Answer 1

如果我正确地收到您的问题，您想通过已知的X-Y坐标将光谱的2D数据框架映射到3D阵列。如果这就是您想要的，那么您不需要任何软件包，只是将数据框中的数据映射到数组

的问题

  #Simulate some gaussian spectra
  set.seed(1234)
  simSpec <- function()
  {
    x <- 1:400
    y <- stats::dnorm(x,mean=runif(1,min=0,max=400),sd=runif(1,min=2,max=50))
    return(y)
  }
  #build a dataframe
  data <- data.frame(matrix(data=NA,nrow=400,ncol=20))
  for(i in 1:20) data[,i] <- simSpec()
  #assume data is ordered in ascending x/y pixels 
  #=> data[,1] -> x=1, y=1 ; data[,2] -> x=2, y=1; data[,length(x)] -> x=length(x), y=y; 
  #data[,m+(n-1)*length(x)] -> x=m, y=n
  Array <- array(data=t(data),dim=c(5,4,400)) #Build Array of format [X,Y,NSpectralVariables]
                                              #transpose dataframe because default order is to first increase Columnnumber
  plot(Array[1,1,],type="l") # Plot Spectrum at x=1, y=1
  contour(Array[,,1]) #Contour Intensity at first Analyte