R:绘图循环中的对数 y 轴生成空绘图

Question

我正在尝试将数据绘制成带有 par（mfrow） 的分割图，并试图获得 y 对数 y 轴，轴定义正确，但不知何故不会绘制绘图数据，并且绘图为空。

我的问题：有没有人看到我的代码似乎有什么问题，为什么没有绘制任何东西（代码执行没有错误）？

第二个问题：如何定义 y 轴的刻度线和轴标签，以便只显示 10、100 和 1000？

这是我的代码，其中包含一些示例数据xy，其结构与我的初始数据相同。

xy <- structure(list(GROUP = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L), .Label = c("Group1", "Group2", "Group3"), class = "factor"), YEAR1 = c(1966L, 1967L, 1968L, 1969L, 1970L, 1971L, 1972L, 1973L, 1964L, 1965L,1966L, 1967L, 1968L, 1971L, 1972L, 1973L, 1974L, 1975L, 1976L), YEAR2 = c(1967L, 1968L, 1969L, 1970L, 1971L, 1972L,1973L, 1974L, 1965L, 1966L, 1967L, 1968L, 1969L, 1972L, 1973L,1974L, 1975L, 1976L, 1977L), SAMPLES1 = c(83L, 86L, 118L, 116L, 114L, 111L, 108L, 106L, 24L, 25L, 26L, 26L, 26L, 87L, 82L, 218L, 203L, 221L, 219L), SAMPLES2 = c(83L, 86L, 118L, 116L, 114L, 111L, 108L, 106L, 24L, 25L, 26L, 26L, 26L, 87L, 82L, 218L, 203L, 221L, 219L), RANK = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L,2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L)), .Names = c("GROUP","YEAR1", "YEAR2", "SAMPLES1", "SAMPLES2", "RANK"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -19L))
ind <- split(x = xy,f = xy[,'RANK'])
fname <- 'Plot.png'
png(fname, width=4658, height=6716, res=300)
par(mfrow=c(3,1), oma = c( 2, 2, 2, 2 ) )
# initiate plot
for (i in seq_along(ind)){
  i <- ind[[i]]
  xx = unlist(i[, c(2, 4)])
  yy = unlist(i[, c(3, 5)])
  my_x_lim <- range(c(1530, 2015)) 
  my_y_lim=range(c(yy,10,100))
  mar.default <- c(2,4,2,4) + 0.1
  par(mar = mar.default + c(-1.2, 0, -1.2, 0),mgp = c(0, 1, 0)) 
  plot(xx, yy,log="y",xaxs="i",type='n', xlab=NA,ylab=NA,xlim = my_x_lim, ylim=my_y_lim,las=1,xaxt="n") 
  rect(par("usr")[1], par("usr")[3], par("usr")[2], par("usr")[4], col = "grey")
  par(mar = mar.default + c(-0.5, 0, -0.5, 0),mgp = c(0, 1, 0))
  axis(1, at = seq(1000, 2050, 10), cex.axis=0.7,lty=0, lwd.ticks=0,labels=TRUE, tcl=0)
  par(mar = mar.default + c(-1, 0, -1, 0),mgp = c(0, 1, 0))
  apply(i, 1, function(y) 
    rect(y[2], min(y[3], 0), y[4], max(y[3], 0), col= 'seagreen',border=NA)) 
  par(mar = mar.default + c(-1.2, 0, -1.2, 0),mgp = c(0, 1, 0)) 
  axis(1, at = seq(1000, 2050, 5), cex.axis=0.5, labels=NA, tcl=-0.3)
  axis(1, at = seq(1000, 2050, 10), cex.axis=0.5, labels=NA, tcl=-0.3,lwd.ticks=0.5)
  axis(3, at = seq(1000, 2050, 5), cex.axis=0.5, labels=NA, tcl=-0.3)
  axis(3, at = seq(1000, 2050, 10), cex.axis=0.5, labels=NA, tcl=-0.3,lwd.ticks=0.5)
  axis(2, at = seq(-100000, 100000, 1000), cex.axis=0.5, labels=NA, tcl=-0.2,lwd.ticks=0.5)
  axis(4, cex.axis=0.7, las=1, labels=TRUE)
}
dev.off() 

Answer 1

你的代码有几个问题：

1. 我认为您在分配给xx和yy时错误地子集了代码。我认为您的 y 轴基于 $SAMPLES[12]，x 轴基于 $YEAR[12] ，但您将$YEAR1和$SAMPLE1分配给xx，类似于yy。修复列引用，您的数据可能会正确排序/范围。

2. 使用 apply 将行转换为向量;通常这很好，但由于其中一个元素 （$GROUP ） 是一个字符串，所有其他元素都会向上转换为字符串，因此您对 rect 的中间应用调用使用的是字符串，而不是数字。相应地对数据帧进行子集，例如 i[,-1] 。

3. 您的 y 轴是对数的，但您在调用rect时使用零（log(0)未定义）。将引用更改为零rect更改为 1，这些可能会开始工作。

使用上面定义的xy数据，此代码会生成一些内容，如果它正确且可用，则由您决定：

ind <- split(x = xy,f = xy[,'RANK'])
par(mfrow=c(3,1), oma = c( 2, 2, 2, 2 ) )
# initiate plot
for (i in seq_along(ind)){
  i <- ind[[i]]
  xx = unlist(i[, c(2, 3)])
  yy = unlist(i[, c(4, 5)])
  my_x_lim <- range(c(1530, 2015)) 
  my_y_lim=range(c(yy,10,100))
  mar.default <- c(2,4,2,4) + 0.1
  par(mar = mar.default + c(-1.2, 0, -1.2, 0),mgp = c(0, 1, 0)) 
  plot(xx, yy,log="y",xaxs="i",type='n', xlab=NA,ylab=NA,xlim = my_x_lim, ylim=my_y_lim,las=1,xaxt="n") 
  rect(par("usr")[1], par("usr")[3], par("usr")[2], par("usr")[4], col = "grey")
  par(mar = mar.default + c(-0.5, 0, -0.5, 0),mgp = c(0, 1, 0))
  axis(1, at = seq(1000, 2050, 10), cex.axis=0.7,lty=0, lwd.ticks=0,labels=TRUE, tcl=0)
  par(mar = mar.default + c(-1, 0, -1, 0),mgp = c(0, 1, 0))
  apply(i[, -1], 1, function(y)
    rect(min(y[1:2]), min(y[3], 1), max(y[1:2]), max(y[3], 1), col= 'seagreen', border=NA))
  par(mar = mar.default + c(-1.2, 0, -1.2, 0),mgp = c(0, 1, 0)) 
  axis(1, at = seq(1000, 2050, 5), cex.axis=0.5, labels=NA, tcl=-0.3)
  axis(1, at = seq(1000, 2050, 10), cex.axis=0.5, labels=NA, tcl=-0.3,lwd.ticks=0.5)
  axis(3, at = seq(1000, 2050, 5), cex.axis=0.5, labels=NA, tcl=-0.3)
  axis(3, at = seq(1000, 2050, 10), cex.axis=0.5, labels=NA, tcl=-0.3,lwd.ticks=0.5)
  axis(2, at = seq(-100000, 100000, 1000), cex.axis=0.5, labels=NA, tcl=-0.2,lwd.ticks=0.5)
  axis(4, cex.axis=0.7, las=1, labels=TRUE)
}