Fortran 认为已分配未分配的阵列



我面临以下问题,无法弄清楚发生了什么。

我有一个例程,在我的代码开头分配一些工作数组。这些工作数组是数据结构的一部分。

该结构定义为:

Type bond_stat
Real*8,Allocatable,Dimension( : , : ) ::data_space
Real*8,Allocatable,Dimension( : , : ) ::data_time
Real*8,Allocatable,Dimension( : )     ::bin_width         
Real*8,Allocatable,Dimension( : )     ::time
Integer,Allocatable,Dimension( : , : )  ::connection_table
End Type bond_stat
Type( bond_stat ),allocatable,dimension( : ) ::Hbonds

这是在模块内完成的。下一步我要做的是将此结构分配为

Allocate( Hbonds( 1:2 ) )

然后,我调用一个子例程,其中分配了结构中包含的数组。奇怪的是,现在如果我尝试分配数组

Allocate( Hbonds( i )%data_space( 1 : 3 , 1 : Nbins ) )
Allocate( Hbonds( i )%data_time( 1 : 1 , 1 : Nbins ) )
Allocate( Hbonds( i )%time( 1 : N ) )
Allocate( Hbonds( i )%bin_width( 1 : 2 ) )
Allocate( Hbonds( i )%connection_table( 1 : 2 , 1 : N ) ) )

如果我这样做,则执行时的代码状态例如时间数组已经分配。我 100% 确定我以前没有分配这个数组。我也确定该数组以前没有使用过,也许编译器会分配它,因为它已经在使用中。 所以我想我会检查数组是否已经分配,如果已分配,则取消分配并重新分配它。 如果我这样做,我会在释放行中收到分段错误:

If ( Allocated( Hbonds( i )%time ) ) then
Deallocate( Hbonds( i )%time )
End If
Allocate( Hbonds( i )%time( 1 : N ) )

我完全不明白这里发生了什么。请有人帮忙。 输出如下所示:

Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory 
reference.
Backtrace for this error:
#0  0x2b54685d3f0d in ???
#1  0x2b54685d314d in ???
#2  0x2b5468e4acaf in ???
#3  0x2b5468e9715c in ???
#4  0x4d27cf in __bond_statistics_MOD_bond_stat_init
at/fs/home/jona/programs/gfortran/eval_new01/playground/H_bond_analysis.f90:35
#5  0x4c8f5f in __bond_statistics_MOD_prep_bond_stat
at/fs/home/jona/programs/gfortran/eval_new01/playground/H_bond_analysis.f90:
350
#6  0x44477a in ???
#7  0x446724 in ???
#8  0x2b5468e35f44 in ???
#9  0x4016c8 in ???
#10  0xffffffffffffffff in ???
Segmentation fault (core dumped)

当不尝试在数组看起来像之前释放数组时:

At line 38 of file H_bond_analysis.f90
Fortran runtime error: Attempting to allocate already allocated variable 'hbonds'
Error termination. Backtrace:
#0  0x2ae8991bef0d in ???
#1  0x2ae8991bfa45 in ???
#2  0x2ae8991bfdfa in ???
#3  0x4d28e5 in __bond_statistics_MOD_bond_stat_init
at/fs/home/jona/programs/gfortran/eval_new01/playground/H_bond_analysis.f90:38
#4  0x4c8f5f in __bond_statistics_MOD_prep_bond_stat
at/fs/home/jona/programs/gfortran/eval_new01/playground/H_bond_analysis.f90:350
#5  0x44477a in ???
#6  0x446724 in ???
#7  0x2ae899a20f44 in ???
#8  0x4016c8 in ???
#9  0xffffffffffffffff in ???

第 38 行是分配时间的行。我正在使用带有标志的 gfortran 编译器 FLAGS = -fopenmp -g -Wall -fcheck=all -fbounds-check

我现在弄清楚问题出在哪里了。我正在使用生成文件来编译代码。今天我想向bond_stat模块添加更多数组,在执行 makefile 后,我再次遇到了同样的错误。我现在所做的是手动重新编译所有模块,而不更改代码本身中的任何内容。这解决了问题。

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