r语言 - 返回两个数据帧中两个长纬度坐标的每一行和每列之间的最小距离

Question

我想计算每行和两个数据帧的列之间的最小地理距离。 DF1有许多机构，DF2有许多活动。这样：

#DF1 (institutions)
 DF1 <- data.frame(latitude=c(41.49532, 36.26906, 40.06599), 
 longitude=c(-98.77298, -101.40585, -80.72291))
 DF1$institution <- letters[seq( from = 1, to = nrow(DF1))] 
#DF2 (events)
 DF2 <- data.frame(latitude=c(32.05, 32.62, 30.23), longitude=c(-86.82,   
 -87.67, -88.02))
 DF2$ID <- seq_len(nrow(DF1)

我想将距离最小的事件返回到 DF1 中的每个机构，并将从 DF2 到 DF1 的距离和 ID 相加。虽然我知道如何计算成对距离，但我无法计算从 DF[1，] 到 DF2 的所有距离并返回最小值，依此类推。

这就是我尝试过的(但失败了(。

  library(geosphere)
  #Define a function
   distanceCALC <- function(x, y) { distm(x = x, y = y, 
    fun = distHaversine)}
  #Define vector of events 
   DF2_vec <- DF2[, c('longitude', 'latitude')]
  #Define df to hold distances
   shrtdist <- data.frame()

现在，我的尝试是用 DF1 的第 1 行和矢量化事件来馈送距离 CALC。

  #Loop through every row in DF1 and calculate all the distances to instutions a, b, c. Append to DF1 smallest distance + DF2$ID.
  #This only gives me the pairwise distance
   for (i in nrow(DF1)){
    result  <- distanceCALC(DF1[i,c('longitude', 'latitude')], DF2_vec)
     }
  #Somehow take shortest distance for each row*column distance matrix
   shrtdist <- rbind(shrtdist, min(result[,], na.rm = T))

我的猜测是，解决方案需要重塑数据并应用。此外，循环是非常糟糕的做法，考虑到观察的数量，速度太慢了。

任何帮助将不胜感激。

Answer 1

> 这是使用 outer 函数解决此问题的简单方法

squared_distance <- function(x, y ) (x - y)^2
lat <- outer(DF1$latitude, DF2$latitude, squared_distance)
long <- outer(DF1$longitude, DF2$longitude, squared_distance)
pairwise_dist <- sqrt(lat + long)
rownames(pairwise_dist) <- DF1$institution
colnames(pairwise_dist) <- DF2$ID
pairwise_dist

这为您提供了每个机构(行(和事件(列(之间距离的矩阵。 要获得 df1 中的距离和事件，我们可以做

df1$min_dist <- apply(pairwise_dist, 1, min)
df1$min_inst <- apply(pairwise_dist, 1, min)

请注意，在这种情况下，第二个有效的原因是事件是按数字标记的。 如果您的真实数据没有这个方便的功能，我们需要这样做

df1$min_inst <- colnames(pairwise_dist)[apply(pairwise_dist, 1, which.min)]

使用备用距离功能更新

我还没有测试过这个，但我认为这应该有效。 同样，输出将是一个矩阵。

gcd.hf <- function(DF1, DF2) {
  sin2.long <- sin(outer(DF1$longitude, DF2$longitude, "-") / 2)^2
  sin2.lat  <- outer(DF1$latitude, DF2$latitude, "-")
  cos.lat <- outer(cos(DF1$latitude), cos(DF2$latitude), "*")
  a <- sin2.long + sin2.lat * cos.lat # we do this cell-wise
  cir <- 2 * asin(pmin(1, sqrt(a))) # I never assign anything to "c" since that's concatenate.  Rename this variable as appropriate (I have no idea if it's related to the circumference or not.)
  cir * 6371
}
pairwise_dist <- gcd.hf(DF1, DF2)