AWK 打印字符串+bash 变量+字符串的组合

Question

我正在尝试使用隔离 ID 重命名 fasta 文件中的重叠群，并使用 awk 将重叠群从 1 编号为 n。

快速文件：

>NODE_1_length_172477_cov_46.1343
GCAGGGCGCAGTTTTTGGAGGCTTGGCAAACCCGTGAGGGAAATTTGGCAGGCAAAATTT
TGGCGGTCGTGCCGAAAAAAGCGGAGGCGATTTCAAATAAATTGTTTTTCACACATCATC
CCAAGCGGCAGACGGAGTTTGCAGTCGGACAAATCAGGCAAGGGCGCGCAGAGTAAGTCA

隔离 ID 是一个变量，因为我要为多个文件执行此操作。我已经让它打印隔离ID号，但我需要>isolateID_number

for file in /dir/*.fasta
do
name=$(basename "$file" .fasta)
awk '/^>/{print "'"$name"'" ++i; next}{print}' $file > rename.fasta
done;

这给了我：

15AR07771
GCAGGGCGCAGTTTTTGGAGGCTTGGCAAACCCGTGAGGGAAATTTGGCAGGCAAAATTT
TGGCGGTCGTGCCGAAAAAAGCGGAGGCGATTTCAAATAAATTGTTTTTCACACATCATC
CCAAGCGGCAGACGGAGTTTGCAGTCGGACAAATCAGGCAAGGGCGCGCAGAGTAAGTCA

期望输出：

>15AR0777_1
GCAGGGCGCAGTTTTTGGAGGCTTGGCAAACCCGTGAGGGAAATTTGGCAGGCAAAATTT
TGGCGGTCGTGCCGAAAAAAGCGGAGGCGATTTCAAATAAATTGTTTTTCACACATCATC
CCAAGCGGCAGACGGAGTTTGCAGTCGGACAAATCAGGCAAGGGCGCGCAGAGTAAGTCA

问题是，我把字符串放在哪里，以便它打印>15AR0777_1而不是 15AR07771

我尝试了以下几种变体，但没有一种奏效

awk '/^>/{print ">'"$name"'" "_" ++i; next}{print}' $file > rename.fasta
awk '/^>/{print ">'"$name"'" _++i; next}{print}' $file > rename.fasta

谢谢！

Answer 1

使用awk -v awk_var="$bash_bar"将 shell 变量传输到 awk 脚本中。man awk:

-v var=val
--assign var=val
Assign the value val to the variable var, before execution of the program begins.  Such variable values are available to the
BEGIN rule of an AWK program.

即：

for file in dir/*.fasta
do         
name=$(basename "$file" .fasta)
awk -v name="$name" '/^>/{print ">" name "_" ++i; next}{print}' $file > rename.fasta
done

这是一个全 awk 版本：

awk '
FNR==1 {                         # new file, close old and make name for new
close(f)                     # close the old output file
n=FILENAME                   # get filename of the new file
gsub(/^.*/|.fasta$/,"",n)  # remove path and .fasta
f="rename_" n ".fasta"       # new output file
}
/^>/ {
$0=">" n "_" ++i             # >name_number
}
{
print > f                    # print to output file
}' dir/*.fasta                   # process .fasta files in dir

如果存在文件dir/15AR07771.fasta脚本将生成一个文件./rename_15AR07771.fasta该文件。(您的版本将所有输出文件写入rename.fasta甚至不追加，您可能需要修复它。