有没有办法从.tab文件中提取一个字符串，用作Nextflow中的变量

Question

作为我试图创建的管道的一部分，我需要从一个进程中获取一个输出，该进程是.tab结果文件，用作在Nextflow中运行一系列进一步的条件进程的变量。我可以用下面这样的东西在Perl中管理它，尽管我似乎无法将变量添加到Nextflow脚本中：

my $resultsfile = 'path/to/resultsfile';
open (RESLIST, "<$resultsfile") or die$!;
my @resultlist=<RESLIST>;
$LINE = $resultlist[1];
close RESLIST or die$!; 
my @topresults = split ("t", $LINE);
my $topidentity = $topresults[5]; 
chomp $topidentity

有没有一种方法可以将变量$topidentity用作Nextflow中的变量，或者可能有一种不同的方法可以在Nextfflow中运行类似的脚本来生成相同的变量？

Answer 1

一个groovy oneliner应该做到这一点，例如：

file('your-file.tab').text.readLines()[1].tokenize('t')[5]

(没有测试它，很快就从perl脚本中进行了调整。它可能需要更多的调整(