Python Decision Tree GraphViz

Question

我正试图用scikit learn实现一个决策树，然后用Graphviz可视化该树，我知道这是可视化DT的标准选择。我使用的是PyCharm、anaconda、Python 2.7和OS X El Capitan。据我所知，我已经用PIP安装了pydot和Graphviz，也直接在Pycharm中安装了它们，但无论我做什么，我都会不断得到一个"没有名为Graphviz的模块"。

from sklearn.datasets import load_iris
from sklearn import tree
#import graphviz as gv
# uncommenting the row above produces an error
clf = tree.DecisionTreeClassifier()
iris = load_iris()
clf = clf.fit(iris.data, iris.target)
with open('graph.dot', 'w') as file:
    tree.export_graphviz(clf, out_file = file)
file.close()

目前运行此代码会生成graph.dot，但我无法查看该文件。1.如何使graphviz存储库正常工作？2.如何将图形写入PDF/PNG？我看到了一些例子，但没有成功3.我找到了这个命令：dot-Tps文件名.dot-o outfile.ps我在哪里用的？如何验证我的OS X上是否存在dot实用程序？

提前感谢！

Answer 1

我很确定我使用自制软件安装了graphviz，但看起来你也可以从http://www.graphviz.org/Download_macos.php.如果您不能让pydot工作，您将需要从终端运行dot命令，或者在您的脚本中使用子流程：

import subprocess
subprocess.call(['dot', '-Tpdf', 'tree.dot', '-o' 'tree.pdf'])

Answer 2

您还可以使用以下代码导出为pdf。

首次安装pydot2

pip install pydot2

然后你可以使用以下代码：

from sklearn.datasets import load_iris
from sklearn import tree
clf = tree.DecisionTreeClassifier()
iris = load_iris()
clf = clf.fit(iris.data, iris.target)
from sklearn.externals.six import StringIO
import pydot 
dot_data = StringIO() 
tree.export_graphviz(clf, out_file=dot_data) 
graph = pydot.graph_from_dot_data(dot_data.getvalue()) 
graph.write_pdf("graph.pdf") 

Answer 3

如果您的系统上没有/想要graphviz，您也可以将.dot文件作为文本打开，并将内容复制到webgraphviz中，然后webgraphvi兹将为您创建和显示树。

不过，结果并不是你可以保存的图片或文件，你必须为你创建的每棵树手动保存。对于更复杂和/或批处理树构建，您需要系统上的实际graphviz，因此您可以从终端或直接从Python中调用dot程序，如maxymoo所述。