r语言 - 在需要/加载软件包后，是否可以覆盖包(重新)安装的阻塞？

Question

>实际问题

是否可以在需要/加载软件包后覆盖对软件包(重新)安装的阻止？

我知道，一旦使用软件包，阻止"真正">重新安装到加载软件包的同一库中是完全有意义的。但我的用例有点不同

背景

我喜欢拥有一个"沙盒库"来测试自己的包的想法。除了要测试的包之外，这些沙盒库还包含干净的基本 R 安装的所有基本包，以及我的整个包构建和测试框架工作所需的一些 contrib 包(例如digest、stringr等)。但是，我的框架从标准库加载后一个包，然后需要将它们安装到沙盒库 - 沙盒库被阻止。因此，我的问题是否可以覆盖它，因为我并没有真正做人们在实施块时的想法。

插图

指定两个库的路径

lib         <- file.path(R.home(), "library")
lib.sandbox <- file.path(tempdir(), "library")

创建沙盒库

dir.create(lib.sandbox, showWarnings=FALSE)

将软件包安装到标准库并加载它

install.packages("digest", lib=lib)
require("digest", lib.loc=lib)

然后还要将其安装到沙盒库中

> install.packages("digest", lib=lib.sandbox)
Warning: package 'digest' is in use and will not be installed

我的框架在加载某些也应该安装到沙盒库的包后会找出某些东西，所以我不能在初始加载步骤之前放置"安装到沙盒库"步骤。

Answer 1

这是您在答案中建议的一般版本。这将在安装之前卸载包，然后从同一位置重新加载包。

install.packages.sandbox <- function(pkgs, lib, repos=getOption("repos"), ...) {
if (is.null(repos)) 
stop("Can't install from source. Need package name.")
pkg.pos <- grep(pkgs, search())
pkg.path <- searchpaths()[grep(pkgs, searchpaths())]
in.use <- length(pkg.pos) > 0
# detach
if (in.use) do.call(detach, 
list(pkg.pos), 
envir=.GlobalEnv)
# install
utils::install.packages(pkgs, lib, repos, ...)
# re-attach from original library location
if (in.use) library(pkgs, 
character.only=TRUE, 
lib.loc=.libPaths()[sapply(.libPaths(), grepl, pkg.path)])
}

Answer 2

不是我在概念上所追求的，而是一个务实的解决方法：在安装之前立即分离软件包

指定两个库的路径

lib         <- file.path(R.home(), "library")
lib.sandbox <- file.path(tempdir(), "library")

创建沙盒库

dir.create(lib.sandbox, showWarnings=FALSE)

将软件包安装到标准库并加载它

install.packages("digest", lib=lib)
require("digest", lib.loc=lib)

分离包

detach(package:digest)

然后还要将其安装到沙盒库中

> install.packages("digest", lib=lib.sandbox)
trying URL 'http://cran.at.r-project.org/bin/windows/contrib/2.15/digest_0.5.2.zip'
Content type 'application/zip' length 79053 bytes (77 Kb)
opened URL
downloaded 77 Kb
package 'digest' successfully unpacked and MD5 sums checked
The downloaded binary packages are in
C:Userswwa418AppDataLocalTempRtmp6XSVYqdownloaded_packages

Answer 3

除了已经提到的搜索路径更改方法之外，可能值得注意的是，此警告和行为来自(至少从 R 3.6.2 开始)来自utils:::.install.winbinary，其中对附加的包进行了检查。

因此，我们可以做的替代方法来规避此问题，而不是使用二进制安装方法，而是从源代码安装软件包：

library(digest)
utils::install.packages("digest", lib = tempdir(), type = "source")

当然，如果软件包需要编译 C/C++/Fortran 代码，这会带来一些潜在的警告，如 Windowshelp("install.packages")编写的那样：

使用类型为 ="source" 的包始终有效，前提是包 不包含需要编译的 C/C++/Fortran 代码。否则，您 需要按照 "R for Windows FAQ"，您必须具有 PATH 环境变量 根据 Rtools 的要求进行设置。

。