我如何绘制一个无向网络使用以下数据框架在R

Question

> nodes1 <- c('A','B','C')
> nodes2 <- c('S','C','B')
> values <- c(1.0,0.45,0.44)
> data <- data.frame(nodes1,nodes2,values)

上面的数据框架有三列。前两列表示节点，第三列表示节点之间的权重。这是一个无向图。我查找了networkD3包文档，但找不到一个简单的方法来做。

Answer 1

我认为你可以使用igraph，边的宽度是由数据框中column的值决定的。

library("igraph")
graph <- make_graph(t(data[,c("nodes1" , "nodes2")]), directed = F)
E(graph)$weight <- data$values
plot.igraph(graph, edge.width=E(graph)$weight)

Answer 2

要在networkD3中使用forceNetwork()函数，需要一个数据帧用于链路，一个数据帧用于节点。使用上面的向量，您可以创建适当的数据帧并将它们传递给forceNetwork()，如下所示:

library(networkD3)
nodes <- data.frame(id = unique(c(nodes1, nodes2)), group = 1)
links <- data.frame(source = match(nodes1, nodes$id) - 1, 
                    target = match(nodes2, nodes$id) - 1, 
                    value = values)
forceNetwork(Links = links, Nodes = nodes, Source = 'source', Target = 'target', 
             Value = 'value', NodeID = 'id', Group = 'group')

nodes数据框需要一列用于每个节点的'id'或名称，一列用于每个节点的组(如果没有分组，则可以将其设置为1)。运行上述代码后，nodes数据帧如下所示:

  id group
1  A     1
2  B     1
3  C     1
4  S     1

links数据帧每个链接/边需要一行，一列用于链接的"源"，一列用于每个链接的"目标"，一列用于每个链接的"值"。'source'和'target'值等于它们所引用的nodes数据帧中节点的索引，但它们必须是零索引才能与底层JavaScript一起工作。运行上述代码后，links数据帧如下所示:

  source target value
1      0      3  1.00
2      1      2  0.45
3      2      1  0.44