使用biopython提取最后四个热门主题

Question

我想从一个大型XML文件中提取前四个点击，该文件包含在我的本地核苷酸数据库上对多个蛋白质查询的tblastn搜索结果。然而，问题是，我的blast设置有一些查询结果不到四次点击，所以当我运行以下代码时：

> from Bio.Blast import NCBIXML 
   with open('/home/edson/ungulate/tblastn_result_test_xml') as tblastn_file: 
>  tblastn_records = NCBIXML.parse(tblastn_file) 
       for tblastn_record in tblastn_records:
>         if tblastn_record.alignments:
>             print tblastn_record.alignments[0].title
>             print tblastn_record.alignments[0].hsps[0]
>             print tblastn_record.alignments[1].title
>             print tblastn_record.alignments[1].hsps[0]
>             print tblastn_record.alignments[2].title
>             print tblastn_record.alignments[2].hsps[0]
>             print tblastn_record.alignments[3].title
>             print tblastn_record.alignments[3].hsps[0]

它运行了，但运行了一段时间后，它说：

Traceback (most recent call last):   File
 "/home/edson/tblastn_parser_test.py", line 8, in <module>
     print tblastn_record.alignments[0].title IndexError: list index out of range

那么，我如何修改这个脚本来打印前四个对齐的结果呢？期待您的回复，如有任何帮助，我们将不胜感激。

Answer 1

这样的东西怎么样？

from Bio.Blast import NCBIXML
with open('/home/edson/ungulate/tblastn_result_test_xml') as tblastn_file: 
    tblastn_records = NCBIXML.parse(tblastn_file) 
    for tblastn_record in tblastn_records:
        for alignment in record.alignments[:4]:
            print alignment.title
            print alignment.hsps[0]

我不熟悉bioython，但文档[1]说alignments是Alignment对象的列表。此示例从列表中的前四个元素中截取一个片段。如果少于四个，那就拿走那里的任何东西。

[1] -http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.Blast.Record.Blast-class.html