我使用的是R（3.3.2）的最新版本，在Macos Sierra（10.12.3）上以最新版本的Rstudio（1.0.136）运行。我遇到了一个问题，我的工作目录对应并陷入困境，该目录包含我当前在rstudio中打开的.RMD文件。打开文件后，工作目录将正确设置为存储.RPROJ文件的目录。但是，当我转到具有相对于该目录的路径的文件中时，我会发现当前工作目录中没有此类文件的错误，并且错误将.rmd文件的位置返回该工作目录。
但是（使用 getwd()）仍然读取工作目录是 quay 的位置，无论我尝试设置何处，我仍然会在尝试时，我仍然会收到相同的错误消息在文件中阅读。值得注意的是，我没有收到错误消息，即无法更改工作目录 - r告诉我工作目录已更改，据称该目录是当前的工作目录...但不是。
我已经完全尝试（据我所知）卸载了R和R Studio并重新安装它们，但无济于事。有没有人有办法解决吗？这让我感到沮丧，因为我必须修改我定义的笔记本中的所有相对路径。
额外的信息，以防万一相关：我从我怀疑的时间机器备份中恢复了可能以某种方式损坏；我的应用程序文件夹的某些内容缺少我必须手动移动的内容。这可能引起问题吗？当与我可能寻找的文件系统交互时，还有其他系统文件取决于R吗？我正在尝试避免对我的文件进行干净的操作系统安装或零碎的重建，因为我不知道这实际上是问题。
预先感谢！
这是rstudio笔记本电脑的已知功能/错误（大约一半的工作目录）。笔记本与文件以同一目录执行。正如@Simon Jackson所指出的那样，您可以使用knitr::opts_knit$set(root.dir = normalizePath())更改此操作。