Hej，
当我尝试用来自R的系统调用（即）调用QIIME时
system2("macqiime")
R停止响应。不过，其他命令行程序没有问题。
某些程序不能通过system2()从R调用吗？
MacQIME版本：MacQIME 1.8.0-20140103
采购MacQIME环境变量。。。
这与普通的终端外壳相同，但默认情况除外python是不同的（/macqiime/bin/python），还有其他新的在你的路径中与QIME相关的事情。
（注意，我主要感兴趣的是用engine = "sh"从R Markdown调用QIIME，这也失败了。但我强烈怀疑问题是相关的）
根据我的经验，当你从unix命令行调用Qiime时，它通常会创建一个自己的虚拟shell来运行它的命令，这与ls或mv等常规系统命令不同。我怀疑你可能无法从R中运行Qiime，除非你模拟Qiime所需的相同shell或配置。我试着用python脚本运行它，但没有成功。