如何修复不正确的GNU平行基因提取

Question

我尝试使用bash脚本中的substring提取与GNU并行混合。但是下面的代码（从更复杂的情况下简化）会产生错误的结果。

#!/bin/bash                                                        
function foo(){                                                    
  echo "${1:0:1} ${1:1:1}" # substring extraction                  
}                                                                  
function bar(){                                                    
  IFS=', ' read -r -a array <<< "${1}" # string to array conversion
  echo "${array[0]} ${array[1]}"                                   
}                                                                  
export -f foo                                                      
export -f bar                                                      
values=( '12' '34' )                                               
parallel echo $(foo {} ) ::: "${values[@]}"                        
# produces wrong output...                                         
# {} 12                                                            
# {} 34                                                            
parallel echo $(bar {} ) ::: "${values[@]}"                        
# produces wrong output...                                         
# 12                                                               
# 34   

您能为我提供一些提示，我如何说服GNU平行假设存在变量内部功能而不是括号。

Answer 1

我认为您所缺少的是bash将在之前进行替换$(foo {} ) 它将参数传递给parallel。如果用parallel替换CC_4，则可以看到此信息：

printf "%sn" echo $(foo {} ) ::: "${values[@]}"
echo
{
}
:::
12
34

这意味着您的命令等效于此：

parallel echo { } ::: 12 34

因此，它为什么要打印{ } 12和{ } 34。parallel这里没有{}替换，因为foo已将其分为两个单独的ARGS {和}。因此，就像xargs没有{}时一样，parallel仅在args上钉在命令的末尾，产生命令：

echo { } 12
echo { } 34

要延迟流程替代，您需要单个引号包装：

parallel echo '$(foo {} )' ::: "${values[@]}"

但是，这导致了另一个问题，因为parallel产生的过程无法识别功能foo。但是您可以用export -f解决：

export -f foo
parallel echo '$(foo {} )' ::: "${values[@]}"
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同样适用于您的bar示例。

编辑：您的bar示例仍然与以前相同，但出于不同的原因。您正在尝试使用array到CC_23的read，使用IFS=', '，但是您的输入不包含任何逗号（或空格），因此您每次都会收到一个元素的数组，并且array[1]扩展到无。p>但是，如果您这样做，它可以起作用（或者至少是i think 确实可以 - 我不确定您对此示例的预期输出是什么）：

values=( "1,2" "3,4" )
parallel echo '$(bar {} )' ::: "${values[@]}"
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