r-devtools::test()失败:依赖程序包X不可用

Question

相关问题：

• 依赖包"package_name"；不可用
• 如何使devtools:：test((考虑包依赖关系

我有两个自制的包裹，A和BB依赖于A的某些函数，并且在其DESCRIPTION文件中有A，如下所示：

Depends: A

我有使用测试编写的单元测试。加载B通常工作正常，手动运行测试(将代码作为块运行(工作正常。然而，尝试使用devtools::test()的自动测试失败，原因是：

>devtools::test()
Loading B
Error in (function (dep_name, dep_ver = NA, dep_compare = NA)  : 
Dependency package A not available.

我不知道如何开始调试它，因为它在自己的环境中运行等等，所以我甚至不能打印任何东西。我怀疑是.libPaths()问题，但无法确认。

我不知道如何将问题最小化，并且我不能共享代码，因为它是专有的。

traceback()调用：

> traceback()
6: stop("Dependency package ", dep_name, " not available.")
5: (function (dep_name, dep_ver = NA, dep_compare = NA) 
{
if (!requireNamespace(dep_name, quietly = TRUE)) {
stop("Dependency package ", dep_name, " not available.")
}
if (xor(is.na(dep_ver), is.na(dep_compare))) {
stop("dep_ver and dep_compare must be both NA or both non-NA")
}
else if (!is.na(dep_ver) && !is.na(dep_compare)) {
compare <- match.fun(dep_compare)
if (!compare(as.numeric_version(getNamespaceVersion(dep_name)), 
as.numeric_version(dep_ver))) {
warning("Need ", dep_name, " ", dep_compare, " ", 
dep_ver, " but loaded version is ", getNamespaceVersion(dep_name))
}
}
return(TRUE)
})(dots[[1L]][[5L]], dots[[2L]][[5L]], dots[[3L]][[5L]])
4: mapply(check_dep_version, deps$name, deps$version, deps$compare)
3: load_depends(pkg)
2: load_all(pkg, quiet = TRUE)
1: devtools::test()

sessionInfo():

> sessionInfo()
R version 3.4.4 (2018-03-15)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Linux Mint 18.2
Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/libblas/libblas.so.3.6.0
LAPACK: /usr/lib/lapack/liblapack.so.3.6.0
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8     LC_MONETARY=en_US.UTF-8   
[6] LC_MESSAGES=en_US.UTF-8    LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_0.12.17                          bindr_0.1.1                           xml2_1.2.0                           
[4] magrittr_1.5                          roxygen2_6.0.1                        devtools_1.13.6                      
[7] tidyselect_0.2.4                      R6_2.2.2                              rlang_0.2.1                          
[10] stringr_1.3.1                         plyr_1.8.4                            dplyr_0.7.6                          
[13] tools_3.4.4                           B_1.0                                 withr_2.1.2                          
[16] commonmark_1.5                        digest_0.6.15                         assertthat_0.2.0                     
[19] tibble_1.4.2                          bindrcpp_0.2.2                        purrr_0.2.5                          
[22] testthat_2.0.0                        memoise_1.1.0                         glue_1.3.0                           
[25] stringi_1.2.3                         compiler_3.4.4                        pillar_1.2.3                         
[28] pkgconfig_2.0.1            

Answer 1

可以在devtools::test()函数上使用debugonce()调试这种情况。这允许对测试环境进行交互式调试。

对installed.packages()的调用显示没有问题，即A和B程序包安装在正确的路径中。

使用debugonce()，我从devtools::test()到devtools:::load_depends()，从devtools:::check_dep_version()到requireNamespace()进行了跟踪，但失败了，错误如下：

Loading required namespace: A
Failed with error:  ‘object 'mutate' not found whilst loading namespace 'A'’

很明显，某种隐藏的名称空间错误涉及mutate()方法。问题是quiet=TRUE到requireNamespace()是打开的，并且是不可变的，因此错误消息不会到达用户，从而将他们发送到错误的路径。

因此，答案与我之前回答的问题相似，只是没有意识到两者之间的联系。