将OWL本体转换为OBO

Question

我需要将OWL本体转换为OBO。

我已经尝试过这个工具https://github.com/ontodev/robot/，但输出格式根本不正确，只是一些部分。

还有OBO-EDIT2和proteg，但他们无法进行转换。

最后我尝试了这个Perl模块http://search.cpan.org/~easr/但是它给出了这个错误

未定义的子程序&XML::Parser在/usr/local/share/perl/5.14.2/obo/Parser/owlparser中调用。PM第146行

并且尝试安装XML::Parser总是以错误结束。

谁能帮我转换本体?

Answer 1

您试过https://github.com/owlcollab/owltools/吗?

并且尝试安装XML::Parser总是以错误结束。

你在运行什么命令来安装XML::Parser?这个误差是什么?你可以用同样的命令安装其他perl模块吗?那些需要制作的呢?

Answer 2

如果您正在使用OWL API, OBO是支持的输出格式之一。将OBODocumentFormat传递给saveOntology()方法就足够了。