Python，在循环中打开文件(dicom)

Question

我目前正在使用以下代码手动读取200张dicom图像：

ds1 = dicom.read_file('1.dcm')

到目前为止，这已经奏效了，但我正试图通过创建一个循环来读取使用以下代码的文件，使我的代码更短、更容易使用：

for filename in os.listdir(dirName):
    dicom_file = os.path.join("/",dirName,filename)   
    exists = os.path.isfile(dicom_file) 
    print filename
    ds = dicom.read_file(dicom_file)

此代码当前不起作用，我收到错误：

"raise InvalidDicomError("File is missing 'DICM' marker. "
dicom.errors.InvalidDicomError: File is missing 'DICM' marker. Use         
force=True to force reading

有人能告诉我哪里出了问题吗？

Answer 1

我认为行：

dicom_file = os.path.join("/",dirName,filename) 

可能是个问题？它将把这三者连接起来，形成一条植根于"/"的路径。例如：

os.path.join("/","directory","file")

会给你"/directory/file"（一个绝对路径），而：

os.path.join("directory","file")

会给你"目录/文件"（一个相对路径）

如果你知道你想要的所有文件都是"*.dcm"你可以试试glob模块：

import glob
files_with_dcm = glob.glob("*.dcm")

这也适用于完整路径：

import glob
files_with_dcm = glob.glob("/full/path/to/files/*.dcm")

但是，os.listdir（dirName）将包括目录中的所有内容，包括其他目录、点文件和其他

如果在读取之前使用"if exists:"，则exists=os.path.isfile（dicom_file）行将过滤掉所有非文件。

如果你知道模式，我建议使用glob方法，否则：

if exists:
   try:
      ds = dicom.read_file(dicom_file)
   except InvalidDicomError as exc:
      print "something wrong with", dicom_file

如果你尝试/排除，If存在：有点多余，但不会造成伤害。。。

Answer 2

尝试添加：

dicom_file = os.path.join("/",dirName,filename) 
if not dicom_file.endswith('.dcm'):
    continue