将 DICOM 图像另存为无损 JPEG

Question

我的原始图像是DICOM格式，我想将其保存为无损jpg格式(或至少保留尽可能多的信息!!(。我怎样才能在 python 中做到这一点？目前，我正在使用以下代码来生成有损 png 图像。我称它为有损 png，因为当我通过 dicom 浏览器看到 dicom 图像时，png 图像看起来与 dicom 图像不同。另外，我如何修改此图像以获取jpg图像而不是png图像。

import numpy as np
import png
import pydicom
ds = pydicom.dcmread("./MyImage.dcm")
shape = ds.pixel_array.shape
# Convert to float to avoid overflow or underflow losses.
image_2d = ds.pixel_array.astype(float)
# Rescaling grey scale between 0-255
image_2d_scaled = (np.maximum(image_2d,0) / image_2d.max()) * 256
# Convert to uint
image_2d_scaled = np.uint8(image_2d_scaled)
# Write the PNG file
with open("out.png", 'wb') as png_file:
w = png.Writer(shape[1], shape[0], greyscale=True)
w.write(png_file, image_2d_scaled)

Answer 1

丢失信息的问题取决于像素深度，而不是图像压缩。您的 DICOM 图像可能每像素大约 11 位(从 -1024 到 1023(，甚至可能更多。您可以将其转换为 8 位图像，而无需设置强度窗口。

这意味着值为-1024的原始像素变为黑色，+1023的像素变为白色，但图像中最重要的部分，从-100到+300左右变为平均灰色。如果你对肺感兴趣，那么重要的值就低了，如果你想看骨头，那么它们就更高了，等等。最重要的是，您无法在单个png/jpg/bmp图像上看到DICOM图像的所有部分。您需要一个特殊的查看器，它允许设置灰度级别。最常见的非医疗格式是TIFF，可以处理全像素深度，但您仍然需要一个特殊的查看器。

Answer 2

还有另一种有效的方法可以使用OpenCV和pydicom库将Dicom图像转换为JPEG或PNG格式。下面的代码在一次运行中将所有 dicom 图像集转换为 jpeg/png(使用 for 循环(。

import pydicom as dicom
import os
import cv2
# make it True if you want in PNG format
PNG = False
# Specify the .dcm folder path
folder_path = "/Image"
# Specify the output .jpg/png folder path
jpg_folder_path = "/JPGImage"
images_path = os.listdir(folder_path)
for n, image in enumerate(sorted(images_path)):
print(os.path.join(folder_path, image))
ds = dicom.dcmread(os.path.join(folder_path, image), force=True)
ds.file_meta.TransferSyntaxUID = dicom.uid.ImplicitVRLittleEndian
pixel_array_numpy = ds.pixel_array
if PNG == False:
image = image.replace('.dcm', '.jpg')
else:
image = image.replace('.dcm', '.png')
pixel_array_numpy2 = cv2.flip(pixel_array_numpy, 0)
cv2.imwrite(os.path.join(jpg_folder_path, image), pixel_array_numpy2)