我想从我的bam()模型中提取拟合值，以便能够以prism或ggplot绘制图形。我使用GAM对脑电图数据中的大脑反应进行建模，因此数据是四个不同类别的许多400ms时间序列。该模型包含这些类别的副因子(uV ~ s(time, by = CatInt)(。我想分别获取这 4 个类别的拟合值。我发现该函数fitted()或fitted.values()，但这只输出一个字符串，其长度与我放入模型的数据点数相同，而我希望每个类别的数据随时间推移有一个平均值。理想情况下，它将包括SD，SE或CI。这可能吗？
如果您对plot.gam()输出的自定义感兴趣，可以将绘图保留为对象。
首先，让我们使用内置的 gamSim( ) 函数生成一些测试数据并构造一个模型：
library(mgcv)
set.seed(2) # R version 3.6.0 used
dat <- gamSim(5, n = 200, scale = 2)
b <- bam(y ~ x0 + s(x1, by = x0), data = dat)
然后，您可以只保留绘图对象，该对象是一个列表，其中包含生成自定义绘图所需的所有数据：
pl_data <- plot(b, pages = 1)
> str(pl_data)
List of 4
$ :List of 11
..$ x : num [1:100] 0.00711 0.01703 0.02694 0.03686 0.04678 ...
..$ scale : logi TRUE
..$ se : num [1:100] 3.25 3.04 2.83 2.64 2.47 ...
..$ raw : num [1:200] 0.185 0.702 0.573 0.168 0.944 ...
..$ xlab : chr "x1"
..$ ylab : chr "s(x1,3.33):x01"
..$ main : NULL
..$ se.mult: num 2
..$ xlim : num [1:2] 0.00711 0.9889
..$ fit : num [1:100, 1] -4.76 -4.64 -4.52 -4.4 -4.28 ...
..$ plot.me: logi TRUE
....
实际上，您可以使用常用的子集方法提取感兴趣的pl_data组件，例如：
first_item_pl <- pl_data[[1]][c("x", "fit", "se")]
提取第一个列表的不同项目或从所有四个嵌套列表中提取同一项目
fit_list <- lapply(pl_data, "[[", "fit")