我想在我的 Python 脚本中添加一个 bash 命令，该命令线性化 FASTA 序列文件，同时保持序列分离不变(因此命令的特定选择)。下面是命令，带有"inputfile.txt"的示例输入文件：
awk '/^>/ {printf("n%sn",$0);next; } { printf("%s",$0);} END {printf("n");}' < inputfile.txt
目的是允许用户在命令行中指定要修改的文件，例如：
$ python3 program.py inputfile.txt
我尝试使用字符串格式(即%s)与sys.argv一起实现这一目标。但是，我已经尝试了许多不同的"和'位置，但仍然无法使其工作并接受来自此处命令行的用户输入。 (该命令包含诸如n之类的转义，因此我试图通过添加额外的反斜杠以及命令中现有%s的额外%来抵消这一点。
import sys
import subprocess
path = sys.argv[1]
holder = subprocess.Popen("""awk '/^>/ {printf("\n%%s\n",$0);next; } { printf("%%s",$0);} END {printf("\n");}' < %s""" % path , shell=True, stdout=subprocess.PIPE).stdout.read()
print(holder)
我非常感谢任何帮助识别这里的语法错误，或有关如何添加此用户输入的建议。
TL;大卫：不要掏钱去纠结！只需使用Python。但是让我们一步一步来...
你在这里使用三引号的直觉很好，那么至少你不需要转义单引号和双引号，这是你在 shell 字符串中需要的。
您可以使用的下一个有用设备是原始字符串，使用r'...'或r"..."或r"""...""".原始字符串不会扩展反斜杠转义，因此在这种情况下，您可以保持n不变。
最后是%s，如果您使用%运算符，则需要对其进行转义，但在这里我建议不要使用 shell 重定向输入，只需使用 Python 的子进程从文件发送 stdin！简单得多，你最终没有替代品。
我还建议您使用subprocess.check_output()而不是Popen()。它使用起来要简单得多，而且更健壮，因为它将检查命令是否成功退出(退出状态为零)。
将它们放在一起(到目前为止)，您可以得到：
with open(path) as inputfile:
holder = subprocess.check_output(
r"""awk '/^>/ {printf("n%sn",$0);next; } { printf("%s",$0);} END {printf("n");}'""",
shell=True,
stdin=inputfile)
但是在这里你可以更进一步，因为你不再需要 shell，它只用于将命令行拆分为两个参数，所以只需在 Python 中进行此拆分(几乎总是可能且容易做到这一点，而且它更加健壮，因为你不必处理 shell 的单词拆分！
with open(path) as inputfile:
holder = subprocess.check_output(
['awk', r'/^>/ {printf("n%sn",$0);next; } { printf("%s",$0);} END {printf("n");}'],
stdin=inputfile)
列表中的第二个字符串仍然是原始字符串，因为您希望保留 bacsklash 转义。
我可以介绍如何在 awk 中不使用printf()来代替使用print来做到这一点，这应该可以同时消除n和%s，但相反，我会告诉你，直接在 Python 中做你正在做的事情要容易得多！
事实上，awk(或sed，tr，cut等)可以做的所有事情，Python都可以做得更好(或者至少以更具可读性和可维护性的方式)。
对于您的特定代码：
with open(path) as inputfile:
for line in inputfile:
if line.startswith('>'):
# Insert a blank line before this one.
print()
print(line)
if line.startswith('>'):
# Also insert a blank line after this.
print()
# And a blank line at the end.
print()
这不是更好吗？
你可以把它放到一个函数中，一个模块中，然后在任何你想要的地方重用它。将结果存储在字符串中很容易，如果您愿意，可以将其保存到变量中，更加灵活......
无论如何，如果您仍然想坚持炮击，请参阅我以前的代码，我认为这是您在仍在掏出时可以做的最好的事情，而无需显着更改外部命令。