r语言 - 在针织后，HTML 中的绘图颜色与 RStudio 中的打印颜色不同

Question

我正在尝试生成一个从RStudio中的R脚本生成的可共享HTML文档。

该脚本利用从networkD3和collapsibleTree包生成的交互式绘图。在 RStudio 查看器中，这些图的配色方案非常明显;物品的颜色，如蓝色和红色。

但是，当以HTML呈现时，配色方案变为褪色的灰色：实际上是白色背景上的白色，这使得它很难看到或使用。

我不知道我可以使用 knitr 直通在 RScript 中指定绘图颜色吗，如下所示：

#+ colourscheme(RdBu)

还是我需要生成某种CSS文件来控制绘图颜色？我不清楚，对这个HTML区域也不是很了解，并且有点困惑为什么颜色会改变！

提前感谢任何帮助。

-- 编辑(提供示例(

为了响应下面的请求，我生成了一个很小的例子。但是 (！( 当渲染时，它会保留正确的配色方案。我现在不清楚是什么原因造成的;在我的主图中，颜色与"GP"相关联，我只有 3 组，所以应该看到 3 种颜色。由于大小(数据限制(，我无法提供完整的示例，因此以下是大纲：

nodes <- data.frame(Name = c('Alpha', 'Beta', 'Charlie'),
ID = c(0,1,2),
gp = c(1,1,2),
n = c(10,15,20))
links <- data.frame(x = c(0, 0, 0, 1, 1, 2, 2),
y = c(0, 1, 2, 1, 2, 0, 2),
n = c(8, 9, 8, 9, 8, 9, 8))
require(networkD3)
require(RColorBrewer)
forceNetwork(height = 200, width = 400,
Links = links, Nodes = nodes,
Source = "x", Target = "y", Value = "n",  # From Links df
NodeID = "Name", Group = "gp", Nodesize = "n",   # From Nodes df
arrows = T,
linkWidth = JS("function(d) { return Math.sqrt(d.value); }"),
#linkWidth = JS(" d.value"),
radiusCalculation = JS(" d.nodesize"),
charge = -10,
fontSize = 16,
colourScale = JS("d3.scaleOrdinal(d3.schemeCategory10);"),
opacity = 0.9,
bounded = T)

我猜(？(有一组特定的条件会触发颜色失败。

Answer 1

我很确定会发生这种情况，因为collapsibleTree正在添加影响forceNetwork创建的元素的 CSS。您能否尝试将此最小示例放在.Rmd 文件并编织它以查看是否显示类似的问题...

---
output: html_document
---
```{r echo=FALSE}
nodes <- data.frame(NodeID = c("Alpha", "Beta", "Charlie"),
Group = c(1, 2, 3),
Nodesize = c(10, 15, 20))
links <- data.frame(Source = c(0, 0, 1, 2),
Target = c(1, 2, 2, 0),
Value =  c(9, 8, 8, 9))
library(networkD3)
forceNetwork(Links = links, Nodes = nodes,
Source = "Source", Target = "Target", Value = "Value",
NodeID = "NodeID", Group = "Group", Nodesize = "Nodesize",
colourScale = JS("d3.scaleOrdinal(d3.schemeCategory10);"),
width = 100, height = 100)
```
```{r echo=FALSE}
library(collapsibleTree)
collapsibleTree(warpbreaks, c("wool", "tension", "breaks"), 
width = 100, height = 100)
```

如果是这样，请尝试使用devtools::install_github('AdeelK93/collapsibleTree')安装collapsibleTree的开发版本，然后重试，看看问题是否消失(以及您的其他问题(。他们在此提交中添加了命名空间的 css，该提交尚未进入 CRAN 版本。