在 R 交互中自动响应提示

Question

请参阅下面我对之前提出的问题的引用。

我正在运行taxize在 R 中的库.Taxize 包含一个函数，用于获取与学名get_tsn()关联的稳定数字。

我可以在交互模式或非交互模式下运行它，这样我就可以 提示与否，分别在多个命中中进行选择。

互动：

> tax.num <- get_tsn("Acer rubrum", ask=TRUE)
Retrieving data for taxon 'Acer rubrum'
tsn      target                      commonNames      nameUsage
1  28728 Acer rubrum                 red maple        accepted
2  28730 Acer rubrum ssp. drummondii NA not           accepted
3 526853 Acer rubrum var. drummondii Drummond's maple accepted
...
More than one TSN found for taxon 'Acer rubrum'!
Enter rownumber of taxon (other inputs will return 'NA'):

非交互式：

> tax.num <- get_tsn("Acer rubrum", ask=TRUE)
Retrieving data for taxon 'Acer rubrum'
Warning message:
> 1 result; no direct match found 

我需要在交互模式下运行此库，以便在有多个匹配项时不会获得空结果。然而，照看这个脚本对于我的数据规模来说是完全不现实的，这些数据有数百万个学名。因此，我想自动响应提示，以便答案始终1.对于可能 99% 的案例，这将是正确答案，并且最终仍将在 100% 的情况下导致下游的正确答案，原因可能超出了这个问题的范围。

因此，我怎样才能自动响应以始终1？

我看了这个问题，并尝试相应地修改我的代码。

options(httr_oauth_cache=T)
tax.num <- get_tsn("Acer rubrum",ask=T) 

但是，这给出了与上述交互模式相同的结果。

感谢您的帮助。

Answer 1

更新：忽略下面。显然，Nathan Werth在上面的评论中发布了最佳答案。

tax.num <- get_tsn_(searchterm = "Acer rubrum", rows = 1)

效果很好！

。

我决定修改源代码来处理这个问题。我怀疑有一个更理想的解决方案，但这个解决方案满足了我的需求。

因此，在从源get_tsn.R的文件中，我替换了以下代码块

# prompt
message("nn")
print(tsn_df)
message("nMore than one TSN found for taxon '", x, "'!n
Enter rownumber of taxon (other inputs will return 'NA'):n") 
# prompt
take <- scan(n = 1, quiet = TRUE, what = 'raw')

跟

take <- 1

我本可以删除其他回显到屏幕位，这是不必要的，现在不是真的。

我使用trace("get_tsn",edit=TRUE)测试的修改后的函数返回如下：

> print(tax.num)
[1] "28728"
attr(,"match")
[1] "found"
attr(,"multiple_matches")
[1] TRUE
attr(,"pattern_match")
[1] FALSE
attr(,"uri")
[1] "http://www.itis.gov/servlet/SingleRpt/SingleRpt?
search_topic=TSN&search_value=28728"
attr(,"class")
[1] "tsn"

我现在将重新编译并安装在 Linux 上，并编辑用于此特定项目。

我仍然欢迎其他更好的答案。