为什么Cytoscape在这种特定情况下会进入"infinite"循环?



如果我使用Object.assign克隆布局配置并尝试使用该布局,cytoscape 会很快导致内存不足错误。 我可以通过定义与第一个布局基本相同的第二个布局而不是克隆来解决此问题,但我有兴趣了解问题背后的原因,或者它是否是 cytoscape 中可能存在的错误。

使用此示例代码,在加载页面后立即单击add and layout 2,它将挂起/耗尽内存。 (让你的任务管理器方便杀死你的标签或浏览器。 添加节点和运行克隆布局的不同组合大多会挂起,但并非总是如此。

let cy
const layout1 = {
name: 'euler',
springLength: edge => 80,
mass: node => 4,
randomize: true,
animate: false,
gravity: -1.2,
maxIterations: 1000,
maxSimulationTime: 4000,
}
const layout2 = Object.assign({}, layout1, {
fit: false,
animate: true,
randomize: false,
})
document.addEventListener('DOMContentLoaded', function() {
cy = cytoscape({
container: document.getElementById('cy'),
layout: layout1,
style: [
{
selector: 'node',
style: {
label: 'data(id)',
},
},
],
elements: [
{ data: { id: 'a' } },
{ data: { id: 'b' } },
{ data: { id: 'a_b', source: 'a', target: 'b' } },
],
})
})
function add() {
cy.add([
{ data: { id: 'c' } },
{ data: { id: 'd' } },
{ data: { id: 'c_d', source: 'c', target: 'd' } },
])
// cy.layout(layout2).run()
}
function doLayout1() {
cy.layout(layout1).run()
}
function doLayout2() {
cy.layout(layout2).run()
}
function addAndLayout2() {
add()
doLayout2()
}
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/cytoscape/3.5.0/cytoscape.min.js"></script>
<script src="https://cdn.jsdelivr.net/npm/cytoscape-euler@1.2.1/cytoscape-euler.min.js"></script>
</head>

<style>
body {
height: 100%;
}
#cy {
height: 100%;
flex-grow: 1;
}
.main {
height: 100vh;
display: flex;
flex: 1;
}
</style>

<body>
<button onclick="add()">add nodes</button>
<button onclick="doLayout1()">layout 1</button>
<button onclick="doLayout2()">layout 2</button>
<button onclick="addAndLayout2()">add and layout 2</button>
<div class="main">
<div id="cy"></div>
</div>
</body>
</html>

这与Ojbect.assign无关(即使您没有正确复制对象,它也不应该挂起)。

原因是randomize选项。对于此特定图形,当随机化选项设置为false时,布局永远不会结束。只需从第二个布局中删除randomize: false,或者在添加新节点后,在运行layout2之前,运行random布局(或手动随机化节点) -layout2将终止。

问题是:布局必须在某个点终止(在最坏的情况下,当达到最大迭代次数的umber时)。但这种特殊的布局永远不会终止。

有趣的是,这个简单的图表也被证明是其他一些布局算法的最坏情况之一(对于randomized: false)。我试过cose-bilkent.它也需要更长的时间,并在达到最大迭代次数时终止(将numIter选项设置为较低的次数将导致提前终止,质量更差) - 但结果真的很糟糕。

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