系统中的错误(命令，实习生 = TRUE)：'"C:Program'找不到选择Weka函数

Question

我正在尝试从BioSeqClass包运行下面的代码，但是我收到一条错误消息： 系统中的错误(命令，实习生 = TRUE)：找不到"C：\程序">

selectWeka(data， evaluator="CfsSubsetEval"， search="BestFirst"， n)

Answer 1

这是BioSeqClass调用java的方式的一个问题：它使文件名不受保护/不加引号，R的system和system2命令由于不强制引用而变得可怕。(如果您自己想直接使用这些命令，我强烈建议您使用类似processx的命令。

应该创建一个问题或错误报告，但我不知道如何使用Bioconductor做到这一点，而且他们在github(https://github.com/Bioconductor-mirror)上的镜像已经失效，所以我在那里不知所措。希望有更多信息的人可以对此进行权衡。

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解决方法

目前尚不清楚问题是由于weka.jar所在的位置还是其他参数之一。您可以通过调试selectWeka函数并在系统调用之前检查command的值来找出问题所在。查找路径的Program Files组件。

如果问题出在weka.jar上，那么这表明您正在C:Program Files下的某个地方安装软件包，根据我的经验，这在两个方面是不良做法：

1. 对于许多我不记得的问题(但这个问题重新引发了讨论)，我从不将R安装在C:Program Files...下的默认位置;相反，我将其安装在新目录下，C:RR-3.5.3(基于版本)并从那里开始。如果在大学/公司系统上，您可能无法控制这一点。

2. 由于这不在 base-R 包中，这表明您没有使用个人库位置(包集合)，或者出于某种原因将您的个人库放在C:Program Files下。如果是前者，我强烈建议您永远不要在 base-R 安装目录中安装新软件包，而是使用您自己的软件包。在线查看有关该主题的?.libPaths和许多其他教程/讨论。使用packrat或checkpoint也可以缓解此问题。

如果问题出在trainFile上(如果我正确阅读了源代码)，那么您的"永久"修复是更改 Windows 放置临时文件的位置，因为此trainFile是专门为此函数运行创建的临时文件。如果这是你的问题，我会把它留

给你来解决。无论如何，您可能没有时间或不需要制定更永久的解决方案，您只想运行一两次，然后继续。对于该修复程序：

3. 再次，debug(selectWeka)，一旦定义了command(下一个要执行的命令是tmp <- system(command,intern = TRUE))，运行以下代码来修复command的值：

   if(search=="Ranker"){
   command = paste("java -cp ", shQuote(file.path(.path.package("BioSeqClass"), "scripts", "weka.jar")),
   " weka.attributeSelection.", evaluator, " -i ", shQuote(trainFile),
   " -s "weka.attributeSelection.", search, " -N ", n, """, sep="" )
   }else{
   command = paste("java -cp ", shQuote(file.path(.path.package("BioSeqClass"), "scripts", "weka.jar")),
   " weka.attributeSelection.", evaluator, " -i ", shQuote(trainFile),
   " -s weka.attributeSelection.", search, sep="" )
   }
   

   (作为记录，我所做的只是在每个paste中添加两次shQuote。确认command现在在事物周围有引号，例如

   Browse[2]> command
   [1] "java -cp "C:\Program Files\...\weka.jar" weka.attributeSel... -i "c:\path\to\some\tempfile" ...
   

   然后，您可以继续退出调试器并让它运行。

   (我希望你不要有数百个电话要selectWeka。

警告：我不是一个使用BioSeqClass，所以我说这一切都来自猜测和推断。我可能错误地定位了错误的源。而且由于我不知道我在用它做什么，所以我还没有在selectWeka内测试修改后的command赋值。我相信shQuote(...)是正确的方法，但您可能需要改用sQuote或dQuote，我不确定您的系统是如何设置的。