基于后验样本的R，HPD(最高后验密度)区间，WinBUGS

Question

如何根据后验样本计算HPD(最高后验密度(区间？我有四个参数，我从后验参数分布中生成1000个样本。现在如何在R软件中计算HPD。我使用了包代码，但我得到了一个错误，

HPDinterval(winbugsresult$sims.list,prob=0.05)
Error in UseMethod("HPDinterval") : 
no applicable method for 'HPDinterval' applied to an object of class "list"

其中"；winbugsresult"是一个包含后验样本的列表。

我还使用了一个向量，我得到了以下错误

HPDinterval(winbugsresult$sims.list$alpha ,prob=0.05)
Error in UseMethod("HPDinterval") : 
no applicable method for 'HPDinterval' applied to an object of class "c('double', 'numeric')"

我只使用了一个来自正常的随机矢量，我再次出现错误

HPDinterval(rnorm(100))
Error in UseMethod("HPDinterval") : 
no applicable method for 'HPDinterval' applied to an object of class "c('double', 'numeric')"

Answer 1

我不太确定winbugsresult$sims.list的结构是什么(你可以编辑你的答案以包括str(winbugsresult$sims.list)(，但用as.mcmc()转换数字向量或矩阵会给你一个可以传递给HPDinterval的对象，例如

library(coda)
HPDinterval(as.mcmc(rnorm(1000)))
HPDinterval(as.mcmc(matrix(rnorm(1000),ncol=10)))  # matrix