Knitr:使用嵌套循环生成多个报表

Question

之前在StackOverflow上的一篇文章有一个关于如何使用模板。rnw文件生成多个报告的非常有用的指南。我想复制这个，除了我有4个循环，而不仅仅是在例子中使用的一个。

在我的例子中，这些是我用来生成报告的循环:

• 最外层循环:通过包含我想要分析的变量名称的向量进行循环

• 内3个循环:循环通过不同的季节/地理位置

下面是模板代码的示例，当我提供循环中提供的所有必要变量时，它可以正常工作:

begin{document}
This is a test in which the texttt{Sexpr{varname}} variable is used in this report. If successful, further reports can be generated using a loop with this same script!
First, a plot of the CDFs, with Kolmogorov-Smirnov statistics:
begin{figure}[h]
centering
<<cdf-plots,dev='png',out.width='0.5\linewidth',echo=FALSE,warning=FALSE,fig.align='centering'>>=
 chart_stats(varname,data_vec,labs,season,s,h,colvec=colvec,cdf_plot=TRUE)
 cap1=paste('Cumulative distribution functions for the counts,',season,s,h)
@
caption{Sexpr{cap1}}
end{figure}
<<ks_calc,warning=FALSE,results='asis',echo=FALSE>>=
library(xtable)
ks=chart_stats(varname,data_vec,labs,season,s,h,ks_test=TRUE,dval=TRUE)
cap=paste('D-values for',season,h,s)
print(xtable(ks,caption=cap))
@

为了能够看到我的输出，当前每个文件都作为一个单独的.tex文件生成，如下所示:

library(knitr)
setwd("~/data_netcdf")
load("loaded_data.Rdata")
source("~/tempestextremes/test/chart_stats.R")
data_vec<-c("ERA", "climo", "2xCO2","SSTplus2","SSTplus2_2xCO2")
seasons_vec<-c("DJF","JJA","MAM","SON")
sec=c("ATL","PAC")
hemi=c("NH","SH")
var=c('centlat','centlon','area')
for (varname in var){
  }
  for (season in seasons_vec){
    for (h in hemi){
      for (s in sec){
        output_name=paste(varname,'_',season,'_',h,'_',s,'_report.tex',sep="")
        knit2pdf("~/data_netcdf/report_test.Rnw",output=output_name)
      }
    }   
  }
}

有一个knitr示例，它使用子文件将输出组合到一个文档中，这听起来与我想做的类似，下面是我尝试过的:

<<test-main,include=FALSE>>= 
[removed for length]
#testing on just one variable name
var=c('centlat')
for (varname in var){
  out=NULL
  for (season in seasons_vec){
    for (h in hemi){
      for (s in sec){
        out=c(out,knit_child("~/data_netcdf/report_test.Rnw"))
      }
    }
  }
}
@
Sexpr(paste(out,collapse='n'))

，但我得到以下错误，可能是由于我有多个层次的循环都使用相同的块标签名称作为引用的数字:

Error in parse_block(g[-1], g[1], params.src) : 
  duplicate label 'cdf-plots'
Calls: knit ... process_file -> split_file -> lapply -> FUN -> parse_block

有人能解释一下这个错误信息吗?我是否需要以某种方式更改标签名称，以便在每次循环时进行区分?或者我应该在模板文件中实现3个内循环吗?或者，可能在事后将所有.tex文件组合起来?

我希望你能帮助我找出最好的工作流程。

Answer 1

我想到了一个解决办法!一些笔记:

1)模板文件不能有begin{document}...end{document}标签或任何东西在序言中，这必须在主。rnw文件中。

2)到目前为止，它只适用于单个变量(而不是循环遍历变量向量)，但是扩展它是一件微不足道的事情。

下面是模板的一个例子:

<<{{prefix}}-setup>>=
varname='{{varname}}'
season='{{season}}'
h='{{h}}'
s='{{s}}'
@
First, a plot of the CDFs, with Kolmogorov-Smirnov statistics:
begin{figure}[h]
centering
<<'{{prefix}}-cdf-plots',dev='png',fig.lp='{{prefix}}',out.width='0.5\linewidth',echo=FALSE,warning=FALSE,fig.align='centering'>>=
colvec=c("blue","red","green","purple","pink")
chart_stats(varname,data_vec,labs,season,s,h,colvec=colvec,cdf_plot=TRUE)
cap1=paste('Cumulative distribution functions for the counts,',season,s,h)
@
caption{Sexpr{cap1}}
end{figure}

然后主文档:

documentclass{article}
usepackage[margin=0.5in]{geometry}
begin{document}
<<test-main,include=FALSE>>=
library(knitr)
setwd("~/data_netcdf")
load("loaded_data.Rdata")
source("~/tempestextremes/test/charts_stats.R")
[other stuff]
@
...
<<generate-code,echo=FALSE>>=
  varname='centlat'
  out=NULL
  for (season in seasons_vec){
    for (h in hemi){
      for (s in sec){
        prefix=paste(season,h,s,sep="_")
        out=c(out,knit_expand("~/data_netcdf/report_test_1.Rnw"))
      }
    }
  }
@
Sexpr{paste(knit(text=out),collapse='n')}
end{document}

我应该注意到，灵感来自于knitr-examples部分，特别是这个。