输入qsub命令后,输出流在运行时会在我的主目录中更新。这给我带来了两个问题:
1) 我的/home/brian文件夹很慢,甚至写了几个文本字符。具有大量输出文本的实用程序速度慢得令人沮丧。然而,我的作业文件在/tmp/brian中,并且这个位置非常快,并且是计算节点的本地位置。
2) 如果我在/tmp/brian中运行myscript.sh,我希望输出流在运行时在同一个文件夹中更新,这样我就可以检查结果,而不必在与作业不同的文件夹中搜索。
我已经尝试过这个和qsub命令的几种排列:
cd /tmp/brian
set HOME=`pwd`
qsub -j oe -k oe -d `pwd` -w `pwd` -v "HOME=`pwd`,PBS_O_HOME=`pwd`" "./my_script.sh"
我可以设置-e和-o选项,以便在运行后将流放在/tmp/brian中,但我无法在运行期间将其更新到/tmp中,只能更新我的主文件夹。
如果我在my_script.sh中键入"env"命令,我会得到以下命令:
HOME=/home/brian
PWD=/tmp/brian
PBS_O_HOME=/tmp/brian
PBS_O_INITDIR=/tmp/brian
PBS_O_WORKDIR=/tmp/brian
$HOME环境变量设置不正确,尽管它是显式传递的。也许某个地方有一个配置文件覆盖了我的设置?
使用-D定义要用于作业的根目录