我有一些很大的文件，还有一台没有很多空间的服务器，此外，要解压缩这些文件需要太多时间，因此我希望将ZCAT用作函数的输入？
我一直在使用的是
$ zcat file1 | samtools view -bS > outputfile
file1是zipled文件，而输出文件显然是samtools中视图函数的输出。Samtools的输入通常在-bs和＆gt;
之间我上面的工作不起作用，有帮助吗？谢谢
您可能需要给" - "作为samtools的参数，以使其从标准输入而不是文件读取：
zcat file1 | samtools view -bS - > outputfile
文件是ziplect或gzpect的吗？如果前者，ZCAT将不会执行任务。您需要取消拉链，并使用以下语法：
unzip -p file1 | samtools view -bS - > outputfile