如何修复 R Shiny 中的"错误：可变长度不同(为"input$s"找到)"

Question

我正在尝试制作一个简单的闪亮的ap，用于创建卡普兰-迈尔生存曲线，这些曲线由用户所做的选择分层。当我静态编码 KM 计算（列名为 thorTr）时，它可以工作，但计算和绘图是静态的。当我用input$s替换时，我得到错误：可变长度不同（为"input$s"找到）

我尝试查看其他使用 as.formula 和粘贴的代码，但我不明白，无法开始工作。但我是一个新的R和Shiny用户，所以也许我做得不对。这是一个类似的闪亮ap，但我想使用survminer和ggsurvplot进行绘图

library(shiny)
library(ggplot2)
library(survival) 
library(survminer)
#load data
data(GBSG2, package = "TH.data")

#Define UI for application that plots stratified km curves
ui <- fluidPage(
  # Sidebar layout with a input and output definitions
  sidebarLayout(
    # Inputs
    sidebarPanel(
      # Select variable strat
      selectInput(inputId = "s", 
                  label = "Select Stratification Variable:",
                  choices = c("horTh","menostat","tgrade"), 
                  selected = "horTh")
    ),
    # Outputs
    mainPanel(
      plotOutput(outputId = "km")
    )
  )
)
# Define server function required to create the km plot
server <- function(input, output) {
  # Create the km plot object the plotOutput function is expecting
  output$km <- renderPlot({
    #calc KM estimate with a hard coded variables - the following line works but obviously is not reactive
    #km <- survfit(Surv(time,cens) ~ horTh,data=GBSG2)
    #replaced hard coded horTh selection with the respnse from the selection and I get an error
    km <- survfit(Surv(time,cens) ~ input$s ,data=GBSG2)
    #plot km
    ggsurvplot(km)
  })
}
# Create a Shiny app object
shinyApp(ui = ui, server = server)

我希望有一个图，使用用户选择更新分层变量

Answer 1

尝试使用 surv_fit() 而不是 survfit() 。

surv_fit()是来自survminer的帮手，与survival:survit()相比，它的作用域不同，正如拜伦所建议的那样，这似乎是您所需要的。

我的代码段如下所示：

output$plot <- renderPlot({
    formula_text <- paste0("Surv(OS, OS_CENSOR) ~ ", input$covariate)
    ## for ggsurvplot, use survminer::surv_fit instead of survival:survfit
    fit <- surv_fit(as.formula(formula_text), data=os_df)
    ggsurvplot(fit = fit, data=os_df)
})

Answer 2

两件事：

1. 需要显式定义调用survfit()中的公式。在原始代码中传递给survfit()的对象使用函数右侧的字符值。这抛出了一个错误，我们可以通过将整个粘贴的值转换为公式来解决，即as.formula(paste('Surv(time,cens) ~',input$s))
2. 需要在调用ggsurvplot()中定义公式，以避免范围问题。这更具技术性，与ggsurvplot()编程的方式有关。基本上，ggsurvplot()无法访问在其自身调用之外定义的公式。

尝试替换

km <- survfit(Surv(time,cens) ~ input$s ,data=GBSG2)
ggsurvplot(km)

跟

ggsurvplot(survfit(as.formula(paste('Surv(time,cens) ~',input$s)),data=GBSG2))

Answer 3

嗨，

终于把它结合起来了两种解决方案。我不明白修复程序，但至少它现在按照我希望它的方式工作:)

library(shiny)
library(ggplot2)
library(survival) 
library(survminer)
data(GBSG2, package = "TH.data")
# Define UI for application that plots features of movies
ui <- fluidPage(
  # Sidebar layout with a input and output definitions
  sidebarLayout(
    # Inputs
    sidebarPanel(
      # Select variable strat
      selectInput(inputId = "s", 
                  label = "Select Stratification Variable:",
                  choices = c("Hormone Therapy" = "horTh",
                              "Menopausal Status" = "menostat",
                              "Tumor Grade" = "tgrade"), 
                  selected = "horTh")
    ),
    # Outputs
    mainPanel(
      plotOutput(outputId = "km")
    )
  )
)
# Define server function required to create the scatterplot
server <- function(input, output) {
  # Create the km plot object the plotOutput function is expecting
  output$km <- renderPlot({
    ## calc survival curve and plot
    kmdata <- surv_fit(as.formula(paste('Surv(time,cens) ~',input$s)),data=GBSG2)
    ggsurvplot(kmdata)
  })
}
# Create a Shiny app object
shinyApp(ui = ui, server = server)