Clojure :分组方式太慢(1300 万行文件)



情况

我有一个 1300 万行的 CSV,我想对每个组执行逻辑回归(旁听器(。我的文件是这样的(值只是示例(

ID Max Probability
1  1   0.5 
1  5   0.6
1  10  0.99
2  1   0.1
2  7   0.95

所以我首先用csv阅读器阅读它,一切都很好。

然后我有这样的东西:

( {"Id" "1", "Max" 1, "Probability" 0.5} {"Id" "1", "Max" 5, "Probability" 0.6} etc.

我想按 Id 对这些值进行分组,如果我没记错的话,大约有 1.2 百万个 Id。(我用熊猫在 Python 中做到了,它非常快(

这是我读取和格式化文件的函数(它在较小的数据集上工作正常(:

  (defn read-file
  []
    (let [path (:path-file @config)
          content-csv (take-csv path ,)]
      (->> (group-by :Id content-csv)
           (map (fn [[k v]]
                [k {:x (mapv :Max v) :y (mapv :Probability v)}]))
           (into {}))))

终于想有这样的东西来执行逻辑回归(我对此很灵活,不需要 :x 和 :y 的向量,seqs 还可以(

{"1" {:x [1 5 10] :y [0.5 0.6 0.99]} "2" {:x [1 7] :y [0.1 0.95]} etc.

问题

我在分组操作时遇到问题。我在 CSV 的输出上单独尝试了它,当它不会因为 Java 堆空间内存而消失时,这需要很长时间。我以为问题是我的mapv问题,但这是分组依据。

我想过使用 reduce 或 reduce-kv,但我不知道如何将这些功能用于此类目的。

我不在乎":x"和":y"的顺序(只要它们之间相同,我的意思是 x 和 y 具有相同的索引......没问题,因为它们在同一行(和最终结果上的 Id,我阅读了该分组保持顺序。也许这就是手术成本高昂的?

如果有人遇到过,我给你样本数据:

(def sample '({"Id" "1" "Max" 1 "Probability" 0.5} {"Id" "1" "Max" 5 "Probability" 0.6} {"Id" "1" "Max" 10 "Probability" 0.99} {"Id" "2" "Max" 1 "Probability" 0.1} {"Id" "2" "Max" 7 "Probability" 0.95}))

其他替代方案

我还有其他想法,但我不确定它们是否对"Clojure"友好。

  • 在 Python 中,由于函数的性质和文件已经排序,我没有使用 group-by,而是在数据帧中为每个组编写了开始和结束索引,这样我只需要直接选择子数据选项卡。

  • 我还可以加载 id 列表,而不是从 Clojure 计算它。喜欢

    (def ids '("1" "2" 等。

所以也许可以从 :

{"1" {:x [] :y []} "2" {:x [] :y []} etc.

从上一个 seq 然后匹配每个 ID 上的大文件。

我不知道它实际上是否更有效率。

有逻辑回归的所有其他函数,我只是缺少这部分!谢谢!

编辑

感谢您的回答,我终于有了这个解决方案。

在我的项目.clj文件中

 :jvm-opts ["-Xmx13g"])

法典:

(defn data-group->map [group]
  {(:Id (first group))
   {:x (map :Max group)
    :y (map :Probability group)}})

(defn prob-cumsum [data]
  (cag/fmap
    (fn [x]
      (assoc x :y (reductions + (x :y))))
  data))

(defn process-data-splitter [data]
  (->> (partition-by :Id data)
       (map data-group->map)
       (into {})
       (prob-cumsum)))

我包装了我的所有代码,它可以工作。拆分大约需要 5 分钟,但我不需要超高速。用于文件读取的内存使用量可以上升到所有内存,然后对于 sigmoid 则更少。

如果您的文件按 ID 排序,您可以使用 partition-by 而不是 group-by

那么你的代码将如下所示:

(defn data-group->map [group]
  [(:Id (first group))
   {:x (mapv :Max group)
    :y (mapv :Probability group)}])
(defn read-file []
  (let [path (:path-file @config)
        content-csv (take-csv path ,)]
    (->> content-csv
         (partition-by :Id)
         (map data-group->map)
         (into {}))))

这应该会加快速度。然后,您可能可以使用换能器使其更快

(defn read-file []
  (let [path (:path-file @config)
        content-csv (take-csv path ,)]
    (into {} (comp (partition-by :Id)
                   (map data-group->map))
          content-csv)))

让我们做一些测试:

首先生成像您这样的海量数据:

(def huge-data
  (doall (mapcat #(repeat 
                     1000000
                     {:Id % :Max 1 :Probability 10})
           (range 10))))

我们有一千万个项目数据集,有百万个{:Id 0 :Max 1 :Probability 10},百万个{:Id 1 :Max 1 :Probability 10}等等。

现在要测试的功能:

(defn process-data-group-by [data]
  (->> (group-by :Id data)
       (map (fn [[k v]]
              [k {:x (mapv :Max v) :y (mapv :Probability v)}]))
       (into {})))
(defn process-data-partition-by [data]
  (->> data
       (partition-by :Id)
       (map data-group->map)
       (into {})))
(defn process-data-transducer [data]
  (into {} (comp (partition-by :Id) (map data-group->map)) data))

现在时间测试:

(do (time (dorun (process-data-group-by huge-data)))
    (time (dorun (process-data-partition-by huge-data)))
    (time (dorun (process-data-transducer huge-data))))
"Elapsed time: 3377.167645 msecs"
"Elapsed time: 3707.03448 msecs"
"Elapsed time: 1462.955152 msecs"

请注意,partition-by生成惰性序列,而分组依据应实现整个集合。因此,如果您需要逐组而不是整个地图组的数据,则可以删除(into {})并更快地访问每个数据:

(defn process-data-partition-by [data]
  (->> data
       (partition-by :Id)
       (map data-group->map)))

检查:

user> (time (def processed-data (process-data-partition-by huge-data)))
"Elapsed time: 0.06079 msecs"
#'user/processed-data
user> (time (let [f (first processed-data)]))
"Elapsed time: 302.200571 msecs"
nil
user> (time (let [f (second processed-data)]))
"Elapsed time: 500.597153 msecs"
nil
user> (time (let [f (last processed-data)]))
"Elapsed time: 2924.588625 msecs"
nil
user.core> (time (let [f (last processed-data)]))
"Elapsed time: 0.037646 msecs"
nil

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