r-如何在Rstudio的Momocs包下从SHAPE中读取椭圆傅立叶描述符

Question

我希望从SHAPE软件加载CHC或NEF文件，以便读取MOMOCS下的轮廓并进行相关分析(Plot、PCA…(

我在R和一揽子计划下都有困难。

我应该如何继续？

这是大纲的摘录。第一个来自CHC，另一个来自NEF。

提前谢谢，欢迎任何帮助。

CHC

IMG_20200710_0001_1 1045 531 1,428639E-02 46736 5 5 4 4 4 5 4 4 4 5 5 4 5 5 5 5 5 5 4 5 6 5 4 5 5 5 6 5 5 6 5 5 5 5 6 5 6 5 5 6 5 5 6 5 6 5 5 6 6 5 6 5 6 5 6 5 6 5 6 6 5 6 5 6 6 5 6 6 5 6 6 5 6 6 5 6 6 5 6 6 5 6 6 5 6 6 5 6 5 6 5 6 6 5 6 6 6 5 5 6 6 5 6 6 5 6 6 5 6 6 5 5 6 6 6 6 5 6 5 6 6 6 5 6 5 6 6 6 6 5 6 6 6 5 6 5 6 6 6 6 6 5 6 6 6 5 6 6 5 6 6 6 5 6 6 5 6 6 5 6 6 5 6 6 6 5 6 6 6 6 5 6 6 5 6 6 5 6 6 6 6 5 6 6 5 6 6 6 5 6 6 6 6 6 6 6 5 6 6 6 5 6 5 6 6 6 6 6 6 6 5 6 6 5 6 6 6 5 6 6 6 5 6 6 5 6 6 6 6 5 6 6 6 6 6 5 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 5 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 5 6 6 6 6 6 6 6 6 5 6 6 6 6 6 6 6 6 5 6 6 6 5 6 6 6 6 6 6 6 5 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 5 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 5 6 6 6 6 7 6 6 5 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 7 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 7 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 7 6 6 5 6 6 7 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 7 6 6 6 6 6 6 6 6 6 7 6 6 6 6 6 6 6 7 6 6 6 6 6 6 6 6 6 7 6 6 6 6 6 6 6 6 6 7 6 6 6 6 6 7 6 6 6 6 6 6 7 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 7 6 6 6 6 6 7 6 6 6 6 7 6 6 6 6 6 6 7 6 6 6 6 6 6 7 6 6 6 7 6 7 6 6 6 6 6 7 6 6 6 6 6 6 7 6 6 7 6 6 7 6 6 6 6 6 7 6 7 6 6 6 6 7 6 6 6 6 6 6 7 6 6 6 6 7 6 6 6 6 6 7 6 6 7 6 6 6 6 7 6 6 6 6 6 6 7 6 6 6 6 7 6 6 7 6 6 6 6 6 6 7 6 6 6 6 7 6 6 6 6 7 6 6 6 6 6 7 6 6 6 7 6 6 6 7 6 6 6 7 6 6 6 7 5 6 6 7 6 6 6 7 6 7 6 6 6 6 7 6 6 6 6 7 6 6 6 6 6 7 6 6 7 6 6 6 6 7 6 6 6 6 6 6 6 7 6 6 7 6 6 6 6 7 6 6 6 7 6 6 7 6 6 6 6 6 7 6 6 6 7 6 6 6 6 6 7 6 7 6 6 6 6 6 7 6 6 6 6 7 6 6 7 6 6 7 6 6 6 6 7 6 6 7 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 2 1 0 2 1 1 0 0 0 0 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 4 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 3 3 1 2 2 4 3 1 0 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 1 2 2 2 3 1 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 3 1 2 2 2 2 3 1 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 3 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 1 2 2 2 1 2 2 2 1 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 2 2 1 2 2 2 1 2 2 2 2 1 2 2 2 1 2 2 1 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 2 2 1 2 1 1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 2 2 1 2 2 1 2 2 2 1 2 2 1 2 2 2 1 2 2 1 2 2 2 1 2 2 2 1 2 2 2 2 1 0 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 1 0 2 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 3 1 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 1 2 2 3 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 3 2 2 2 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3 2 3 2 3 2 2 3 3 2 4 3 2 3 3 4 4 -1

NEF

#CONST 1 1 1 0
#HARMO 15
IMG_20200710_0001_1
1.0000000e+00  3.5723303e-18 -2.2782437e-17  1.4062862e-01
-3.5345700e-03 -2.9677476e-04 -7.7529255e-02  2.8661995e-02
1.0149772e-01  3.3103762e-03  1.0055048e-03  3.3982778e-02
-5.6327330e-04 -3.2074328e-03 -5.6057424e-03  4.8512662e-03
3.8131276e-02 -1.5129959e-05  2.2552160e-03  1.4017338e-02
1.1789915e-04 -2.9600305e-03 -8.4295737e-04 -3.4299796e-04
1.7271413e-02 -7.2651006e-04 -1.2037379e-04  7.6870442e-03
-2.0549746e-04 -1.3433972e-03 -1.8426509e-03 -5.7843862e-04
1.0074513e-02 -9.3238318e-04  4.8671011e-05  5.6731905e-03
-7.5994187e-04 -1.0418345e-03 -7.7574542e-04 -2.8944747e-04
6.4933570e-03 -4.0572074e-04 -7.6458810e-04  4.0939891e-03
-5.4921053e-04 -8.4817676e-04  1.6206266e-04 -4.6108536e-04
4.5195469e-03 -5.4106090e-04  1.6321172e-04  3.1721989e-03
-1.8313986e-04 -3.5979483e-04  4.8276592e-04 -9.0690768e-04
3.0959844e-03 -6.1876139e-04 -6.3948596e-04  2.2105213e-03

Answer 1

在从GitHub安装的Momocs 1.3.2版本中https://github.com/MomX/Momocs/我看到了函数chc2pix()，它应该将SHAPE的链代码导入R。在早期的Momocs文档中(https://www.rdocumentation.org/packages/Momocs/versions/0.2-03/topics/nef2Coe)，您可以在示例中找到函数nef2Coe()。我在当前的Momocs 1.3.2中没有看到这个函数，但你可以将整个函数复制到你的R脚本中，或者将其保存到.txt中，并将其从R中调用为source('path/to/your/NEF2COE.txt')。Momocs何时会完全复活为MomX(https://momx.github.io/MomX/)，也许该函数将再次成为包的一部分。

Answer 2

很抱歉耽误了时间。

• 如果你想使用CHC，那么chc2pix确实是你的朋友。最终会得到一个由(x, y)坐标定义的传统轮廓
• 对于NEF来说；只是"；一个简单的字符串操作任务。@ordynets指出的线索可能会奏效(或者至少非常有用(。另一种选择是四处走走：

# read the nef
m <- read.table("~/Desktop/nef.txt", skip=3)
# transpose to get in the "right" order
coe <- m %>% t %>% c %>% matrix(nrow=1)
# name columns to make thngs clear
colnames(coe) <- paste0(rep(LETTERS[1:4], times=nrow(m)),
rep(1:nrow(m), each=4))

# from now you can do whatever you want in Momocs
# eg rbind many to have an OutCoe, calculate the inverse EFT:
coe %>% coeff_rearrange("name") %>% coeff_split(nb.h=10) %>% efourier_i() %>% coo_plot()

• (顺便说一句，我仍在开发MomX，这样的包装器适合Momit，但我很难找到时间来完成它(
• 不要犹豫，直接联系我