R中的最大物种分布建模——发现与单个细胞/点相关的概率



下午好,

我最近为马达加斯加特有的爬行动物开发了一个R中的Maxent物种分布模型,使用了仅存在于本地范围的数据。该模型表现良好(根据AUC判断(。

我现在已经将这个模型投影到佛罗里达州,那里没有合适的栖息地。然而,我的重点分类单元在佛罗里达州已经建立得很好了。我没有在模型中使用佛罗里达州的存在数据,因为我想检查模型是否先验地预测了殖民事件;因此,我使用马达加斯加作为模型范围来训练/验证模型。

我想恢复佛罗里达州已知事件的量化概率值;目前,我总体上可以看出,殖民地的预测概率很低,但我无法量化。我可以在模型输出(训练点(或使用"dismo"中的评估(验证点(中找到我已知马达加斯加事件的等效定量值(因为它们包含在模型中(。

有人知道我可以用什么方法/包/函数来查找佛罗里达积分的这些值吗(目前只是存储为.csv(。

如有必要,我可以分享更多该型号的技术细节;这是R中相当标准的Bioclim/Maxent/仅存在数据,主要使用"dismo"。

您可以使用raster::extract()获取它们。例如:

library(raster)
d <- read.csv("data.csv") #your csv here
r <- raster("maxent.tif") #your suitability raster here
vals <- extract(r, d) #these are the values of r at your locations

关于将模型转移到另一个地理区域时预测适用性较低的问题,这可能是过度拟合问题。如果存在过度拟合,训练点的AUC将很高,因此您应该依靠另一个指标来评估它。例如,您可以运行交叉验证(将马达加斯加记录划分为训练点和测试点(,并量化训练点和检测点之间的AUC差异。除此之外,ORmin和ORmtp被广泛使用。您可以查看本文以了解更多详细信息以及如何处理maxent模型中的过度拟合:Radosavljevic&Anderson,2013年。

祝你好运!

/Emilio

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