基因表达中R繁殖错误的自定义错误条

Question

你好，Stack Overflow，

TL;DR: I want to plot a bar plot with bar height 34.30, the upper error
bar extending to 55.68, and the lower error bar extending to 21.12. Can I set 
error bars manually in R?

长版:

我正在为基因表达数据做δ δ Ct计算。我想用柱状图来表示我的表达式。我还想在计算中传播误差。我可以按照Livak等人(2001)的方法在R或excel中进行传播计算，并得到我的置信区间的上界和下界。但是要在R中画出这些是很麻烦的，因为我首先对每个处理取平均值，然后取这些平均值之间的差，然后对差进行变换。因此，我绘制的值不会从多个测量中获得输入，而只是一个数字。因此，用标准方法绘制误差条是行不通的，因为一个数字没有误差范围。

自己做计算，我可以找到95%置信区间的上限和下限。我希望能把这些指定为误差条的上下限。这可能吗?

Livak et al. (2001): http://www.gene-quantification.net/livak-2001.pdf

下面是一个数据的示例:

control
sample, gene1, gene2
1     , 30.00, 27.00
2     , 30.50, 27.25
3     , 29.50, 26.50
4     , 30.10, 26.90
treatment
sample, gene1, gene2
5     , 25.00, 27.00
6     , 25.50, 27.15
7     , 24.50, 26.80
8     , 25.10, 27.10

那么对照组中每个基因的平均值为:gene1 = 30.03, gene2 = 26.91

The difference of control values is then: 30.03-26.91 = 3.12

则各基因在处理中的平均值为:gene1 = 25.03, gene2 = 27.01

The difference of control values is then: 25.03-27.01 = -1.98

和

The difference in expression between the control and treatment is: -1.98 - 3.12 = -5.10

我正在绘制的表达式值(折叠变化)是:2^-(5.10)= 34.30因此，条形图代表了34.30倍的表达式变化。

我为我的误差条使用误差范围，我得到(-5.10)的上限和下限，然后以相同的方式(即2^-X)对它们进行转换，以找到转换后数据的误差范围的上限和下限。我需要在变换前计算上界和下界，否则我在表达式的折叠变化中得到错误的上界和下界。

Margin of Error = (StDev*(T-stat/sqrt(n))) = 0.70, thus
The upper bound of -5.10 is -4.40
The lower bound of -5.10 is -5.80
The transformed gene expression (2^-(-5.1)) is: 34.30
The transformed upper bound is:     55.68
The transformed lower bound is:     21.12

所以我希望我的柱高为34.30，然后上面的误差柱延伸到55.68，下面的误差柱延伸到21.12。

谢谢!

Answer 1

是的，所以我相当有信心这是可能的。我假设你可以得到上界和下界作为两个向量的值，称它们为upper和lower。首先定义一个错误条函数:

# Adding error bars to the barplot
error.bar <- function(x, y, upper, lower=upper, length=0.1, ...){
    if(length(x) != length(y) | length(y) !=length(lower) | length(lower) != length(upper))
    stop("vectors must be same length")
    arrows(x,y+upper, x, y-lower, angle=90, code=3, length=length, lwd = 2, ...)
} 

然后用你想要的任何值来制作你的情节。

# Plotting the barplot
barx <- barplot(values)

现在我们可以把错误图，替换y_values, lower_values和upper_values与你的数据或你计算的。

# Adding the bars.
error.bar(barx, y_values, lower_value, upper_value)